Пинакотека расположена недалеко от Le Due Torri (две башни, символы Болоньи), внутри бывшей Noviziato Gesuita di Sant'Ignazio, места, построенного во второй половине 15-го века для приема молодых людей, которые хотели принять часть общества Иисуса.
Помимо Пинакотеки, в здании также размещены Академия искусств и Сопраценденция для Патрионии исторического искусства, включая выставки и мероприятия по охране, сохранению или исследованиям, связанным с историческим и культурным наследием.
В 1762 году монсеньор Франческо Замбеккари пожертвовал некоторые из своих картин 16-го века для Академии Клементины, происходящей из престижной Академии деи Дезидерози, созданной семьей Карраччи в 1582 году, тем самым родив коллекцию.
С 1803 года Accademia Clementina заменяется Accademia di Belle Arti, став Quadreria и приобретая ее художественное наследие, позже обогащенное другими пожертвованиями.
После подавления Учреждения наполеоновскими войсками наиболее важные произведения искусства были отправлены в Париж и Милан (в Музей Наполеона и будущую Академию Брера, соответственно), где они хранились до падения Французская Империя, когда они были перенесены обратно на свое раннее место, Квадрерию, которая позже стала известна как Пинакотека.
Таким образом, была создана текущая база коллекции, первый каталог с 274 картинами датируется 1827 годом.
Благодаря дальнейшему обогащению, болонская Пинакотека, уже престижная по своему религиозному наследию, приобрела много произведений искусства для миряне и аристократические люди, таким образом завершая свой художественный маршрут между 14 и 19 веками и таким образом становясь одной из самых важных художественных коллекций в Европе.
Pinacoteca di Bologna в настоящее время считается одной из самых современных и важных национальных галерей, она была открыта в 1885 году после разделения Академией.
Экспозиция основана на разных разделах, разделенных по школам: в маршруте собраны произведения искусства, относящиеся к 14 и 15 векам (Витале да Болонья и т. д.), к периоду Ренессанса (Раффаэлло, Перуджино, Тинторетто и т. Д.), Маньеризм (Джорджо Вазари, Бартоломео Цези и т. Д.), В том числе картины 16-го века.
Pinacoteca был полностью отремонтирован в 1997 году, и в настоящее время здесь, помимо 30 выставочных залов, размещается Sale della Belle Arti и очень современные залы на цокольном этаже, благодаря чему в здании можно проводить средние и большие временные выставки, дидактические мероприятия, семинары и конференции.