O complexo arqueológico que fica sob a basílica de San Clemente está situado no vale que separa a montanha Caelius da colina Esquiline.As estruturas atualmente visíveis pertencem a dois edifícios.O primeiro consiste em uma casa de pelo menos dois andares construídos entre o final do primeiro e o início do segundo século dC.

sucessivamente entre o final do segundo e o início do terceiro século, a sala central da casa foi transformada em um mitreum.As paredes laterais da sala central do santuário apresentam dois bancos longos, onde a congregação estava sentada.O altar para o culto foi colocado na parte traseira de um nicho, onde Mithra é retratado matando um touro com seus dois assistentes de tocha, cautela e cautopates.

O Mithreum foi abandonado no final do século IV e todo o complexo foi preenchido. O último edifício está situado a leste do mitreum e em um nível mais baixo.O complexo provavelmente serviu como um armazém ou, com base nas inscrições encontradas na zona, como uma hortelã para a produção de moedas imperiais.

Por volta do meio do século III, o primeiro andar do edifício foi demolido e substituído por uma nova construção para ser identificada com o Titulus de Clement citado pelas fontes, sede da primeira comunidade cristã na zona.No decorrer do século IV, o edifício foi parcialmente demolido para construir a igreja cristã primitiva que ainda é visível sob a atual.