Prevalente no plano de Bernardo Buontalenti para a nova cidade de Livorno eram obras de natureza militar e aquelas ligadas ao desenvolvimento das estruturas portuárias.No entanto, no final do século XVI, começaram a fornecer ao Livorno um novo terreno de desfile e uma "nova igreja", que fechou um lado da Piazza.
Os trabalhos foram inicialmente baseados no plano de Buontalenti, mas isso logo passou por modificações.Entre o final do século XVI e os primeiros anos do dia 17, a construção de trabalhos na igreja continuou sob a direção de Alessandro Pieroni e Antonio Cantagallina e, na primeira década do século XVII, a igreja foi consagrada e dedicada a São Francisco.
Tanto a Piazza quanto a Igreja foram seriamente danificadas em 1944 durante os atentados e foram reconstruídos imediatamente após a guerra: a Piazza manteve muito pouco de sua ordem anterior, mas a igreja foi reconstruída de acordo com a estrutura e móveis originais.O Belltower, iniciado em 1817, substituindo o velho Bell Gable, também foi bombardeado e reconstruído na década de 1950.
O plano da igreja está na forma de uma cruz latina com a adição de duas capelas laterais: o santo sacramento, no qual o trabalho começou em 1716 ao design de Giovanni del Fantasia;e a capela de Madonna, 1727, que originalmente tinha um teto de madeira esculpido e dourado muito valioso, feito entre 1610 e 1614. As sete pinturas ambientadas dentro do teto foram salvas dos atentados e realocados em uma estrutura mais simples, que, no entanto, recria a divisão original deespaço.Entre 1619 e 1623 Jacopo Ligozzi, Domenico Cresti, conhecido como Passignano, e Jacopo Chimenti, conhecido como Empoli, pintou três figuras grandes que descrevem São Francisco recebendo a criança de Cristo da Virgem, a assunção da Madonna e o triunfo de Saint Julia.Eles também foram confiados em pintar quatro telas menores que descrevem santos conectados à cidade, à família granducal ou à própria catedral: santos Cosmas e Damian, São Lawrence e São Sexto, o Papa, a glória de São Sebastian, a suposição de São Vigilia.Nas paredes de transepto, há dois lofts de coral de mármore apoiados por quatro corbels de mármore, que foram reconstruídos com adições de estuque.

A abside foi modificada durante o trabalho de reconstrução do pós -guerra e possui um altar no centro feito de tipos mistos de mármore, também feita no design original.The wooden choir from 1604 was transferred to the church of Santa Caterina in 1763. In the Baptistry chapel, built in 1756, is a baptismal font bearing the coat of arms of Biagio Pignatta, the friend and counsellor of Ferdinando I. His generosity provided thepúlpito e o último altar na parede esquerda, reconstruídos usando os materiais originais;A pintura que descreve a Madonna em glória com os santos Gregory, Benedict, Stephen e Francis, foi pintada para este altar e é atribuída ao Pietro Sorri Sienês.

Em frente, este é o altar colocado lá por Bernardo Borromei, o primeiro gonfalonier estipendiário da cidade, para o qual a suposição da Virgem foi pintada, também atribuída a Sorri.Na parede direita da nave está a tela de Francesco Curradi retratando o crucifixo com anjos e santos Theresa de Avila, Francis Xavier, Isidore, o servo da fazenda, Inácio de Loyola e Philip Neri, por volta de 1622. Este é um trabalho altamente despotionalem comemoração da atividade das figuras principais da contra-reforma.As obras do Livornese Tommaso Gazzarrini, que pintaram três fotos para a capela de Madonna, são muito interessantes: a família sagrada repousa durante o vôo para o Egito, a instituição da Eucaristia e Jesus parece a St. Margaret Alacoco.Em 1834, ele também pintou a tradução do corpo de São Julia para Brescia, situado à esquerda do altar principal.Oposto é o episódio que mostra St Francis ressuscitando um homem afogado em Narni, pintado em 1832 por Giuseppe Bezzuoli.