De abdij van San Zeno werd gebouwd in de negende eeuw over de overblijfselen van een reeds bestaand klooster, wiens oorsprong dateert uit de vierde eeuw.Vandaag heeft alleen de toren van de abdij en sommige kloosters die nu deel uitmaken van de basiliek van San Zeno overleefd.De abdij is erg belangrijk geweest voor de geschiedenis van Verona en voor de relaties tussen Duitse keizers en Italië.Het werd voornamelijk vernietigd tijdens het Napoleontische tijdperk en volgde daarom niet het lot van de andere abdijeigenschappen in Verona, die door de Fransen werden gevangen voordat hij Oostenrijks eigendom werd, soms verlost zoals in het geval van Santa Maria in Organo.Sinds het begin van de negentiende eeuw begon een periode van verwijdering van het oude abdij en het Benedictijnse klooster, dat eindigde in het midden van de twintigste eeuw.Sinds de Tweede Wereldoorlog werden een aantal restauraties uitgevoerd, met name de toren en een deel van de oorspronkelijke abdij, nu volledig hersteld en open voor een bezoek.