De collectie van het museum bestaat uit de meest waardevolle objecten van de basiliek, ook wel het "Bethlehem van het Westen" genoemd, zoals heilige relikwieën, chalices, osensories en liturgische gewaden.

De items worden tentoongesteld in acht kamers en zijn gegroepeerd volgens het thema, van de geschiedenis van de basiliek tot de mensen die er een belangrijke rol in speelden, zoals Carlo Borromeo of Paus Pius IX.

De schilderijen omvatten de "Salita al Calvario" van Sodoma en drie werken van Beccafumi: de "Madonna Con Bambino", "Sant’antonio da Padova" en "Santa Caterina".

Andere interessante exposities zijn de oude muziekscores van de muziekkapel en een handtekening van Pierluigi da Palestrina.