Il Santuario di Nostra Signora della Misericordia è un santuario mariano che sorge in località "Santuario".
La frazione è cresciuta intorno alla basilica eretta sul luogo dell'apparizione di Nostra Signora della Misericordia al beato Antonio Botta, avvenuta nel 1536.
Il 17 maggio 2008 il santuario ha ricevuto la visita di papa Benedetto XVI in occasione del viaggio pastorale del pontefice a Savona e Genova. L'ultimo pontefice che sostò presso il santuario fu Pio VII nel 1815 dove in tale occasione incoronò l'effigie di Nostra Signora della Misericordia, patrona di Savona. Papa Benedetto XVI ha invece insignito il santuario dell'onorificenza della Rosa d'oro, la seconda in Italia dopo il santuario di Loreto insignita dal pontefice Giovanni Paolo II.

Secondo la tradizione popolare la nascita del santuario è legata ad un'apparizione della Madonna al contadino Antonio Botta la mattina del 18 marzo del 1536. Nativo della località di San Bernardo, dove si trova l'omonima parrocchia, il racconto descrive che all'anziano contadino la Vergine Maria, vestita di bianco e attorniata da una luce abbagliante, apparve nei pressi di un ruscello, alla confluenza del torrente Letimbro, su una pietra del corso d'acqua. La Madonna chiese ad Antonio di recarsi dal suo confessore e, tramite le parole di quest'ultimo, di indire tre sabati di digiuno e di compiere tre processioni in onore di Dio e di Maria; la Vergine lasciò inoltre al contadino la richiesta di ritornare nello stesso luogo il quarto sabato poiché altri messaggi dovevano essere comunicati alla curia e al popolo di Savona.

Obbedendo alle parole della Madonna, Antonio si recò subito a Savona e comunicò al vescovo della locale diocesi, monsignor Bartolomeo Zabrera, quanto proferito da Maria e le richieste da lei espresse. Creduto dalla curia e quindi dal popolo savonese si esaudirono le volontà di Maria.
Se la comunità religiosa obbedì fedelmente alle parole di Antonio Botta, diversa fu la reazione delle autorità civili, in particolare del podestà genovese Baldassarre Doria reggente il feudo di Savona per conto della Repubblica di Genova. Quest'ultimo, temendo una possibile rivolta anti-genovese in nome della fede, convocò il contadino al castello per un interrogatorio sui fatti accaduti. Una leggenda racconta che durante il colloquio tra le autorità e Antonio Botta alcuni pescatori, al largo di Savona, videro sopra la cattedrale e il castello tre fiammelle alte nel cielo.
La seconda apparizione della Madonna avvenne, come promesso, il quarto sabato dal primo evento, l'8 aprile del 1536 vigilia della domenica delle palme. Ad Antonio Botta, dopo la preghiera, apparve nuovamente la Vergine con la stessa luce abbagliante e nel punto esatto della prima apparizione mariana; il contadino la ricorda con le mani tese verso il basso e allargate in un gesto di misericordia. Ancora una volta la Madonna chiese all'anziano popolano tre sabati di digiuno e una nuova processione per giorni dalla popolazione e in special modo dalle confraternite disciplinanti; nel messaggio pronunziato da Maria, così come racconta la tradizione popolare, ella elogiò il buon operato di tali confraternite nell'opera di divulgazione della parola di Dio ed esortò Antonio e i suoi compaesani di seguire la dottrina religiosa. La Madonna finì il suo messaggio divino e scomparve con le parole di benedizione Misericordia, Figlio, voglio e non giustizia.
La notizia dell'apparizione mariana nella valle del Letimbro fece ben presto affluire sul luogo dell'evento un numero sempre più crescente di pellegrini e credenti, tanto che fu costituita un'apposita commissione tra i cittadini per regolarne l'afflusso. Le cospicue somme di elemosine, offerte dai pellegrini in visita, accrebbero la necessità di edificare in loco un edificio o luogo di culto per accogliere i sempre più numerosi fedeli.
Il primo progetto, un oratorio, fu ben presto approvato da monsignor Bartolomeo Chiabrera il 21 aprile del 1536, ma si deviò per la costruzione di un'opera maggiore, un santuario con un annesso ospizio per i poveri. Il nuovo progetto religioso fu quindi deliberato dal consiglio cittadino di Savona e dal cardinale Orazio Spinola il 24 luglio e già l'11 agosto dello stesso anno si diede il via al nuovo edificio di culto nella valle del Letimbro.
Nello stesso periodo la comunità comunale savonese decretò il 18 marzo, giorno della prima apparizione mariana al contadino Antonio Botta, data festiva e l'intenzione di compiere annualmente in tale occasione una processione votiva al santuario che, dopo quattro anni di intenso lavoro, si presentava nel 1540 già pronto nella sua struttura muraria.
La chiesa del santuario, costruita nel 1536 su disegno di Pace Antonino Sormano, è un tipico esempio di primo barocco italiano, anche se la sua struttura è un po' anomala per una chiesa barocca: è costruita su tre livelli (navata, cripta e presbiterio), pare in ricordo della cattedrale romanica, che sorgeva in luogo del Priamar, distrutta dai Genovesi per lasciar spazio alla costruzione della fortezza rinascimentale.
Sul piazzale antistante la chiesa è collocata una fontana di Giacomo Antonio Ponsonelli del 1708.
Attorno al santuario nel tempo sono stati edificati ospizi per anziani ed orfanotrofi, molti dei quali funzionanti fino alla seconda metà del Novecento (resta un ospizio per anziani).
La facciata, a tre porte, in pietra del Finale, è opera di Taddeo Carlone di Rovio di Lugano. In tre nicchie sono collocate le statue di san Giovanni Battista, di san Giovanni apostolo ed evangelista e della Vergine.
Tra le opere maggiori contenute al suo interno vi sono un altare di Gian Lorenzo Bernini e una grande tela del Domenichino.
Nella cripta si trova la statua della Madonna di Misericordia, incoronata dal papa Pio VII, dopo essere stato liberato dalla sua prigionia savonese, iniziata nel 1809. Ad essa ha fatto visita papa Benedetto XVI il 17 maggio 2008.
Il santuario ha un Museo del Tesoro, dove si possono ammirare ex voto di varie epoche, paramenti e oggetti sacri.
Gli affreschi che adornano la volta, databili al XVII secolo, sono opera del pittore Bernardo Castello raffiguranti scene ed episodi tratti dal vangelo, così come sono opera dello stesso Castello i riquadri pittorici della cupola che si apre sul presbiterio e l'affresco sopra la porta d'ingresso della navata.
Dello scultore Onorato Toso di Genova è il pulpito del 1915 costruito in occasione del primo centenario dell'incoronazione della statua raffigurante Nostra Signora della Misericordia ad opera di papa Pio VII nel 10 maggio 1815.
L'altare maggiore è opera molto probabilmente dello scultore Francesco Schiaffino e fu donato al santuario dai governatori della Pia Opera. Nella parte sinistra è inoltre posizionata la statua in marmo ritraente Giovanni Battista Veretta Bava e una lapide bronzea in memoria dell'incoronazione della statua di Nostra Signora della Misericordia.
La navata sinistra del santuario vede la presenza di quattro altari laterali. Il primo, intitolato alla Madonna della Neve, conserva una pala del 1610 del pittore Bernardo Castello, poggiante su una struttura del XVIII secolo e restaurata in seguito nel 1875 da Paolo Burnengo. Il secondo altare, della Visitazione della Beata Vergine Maria, si presenta con una forma a parallelepipedo con due alti piedistalli decorati con raffigurazioni di palme, gigli e rose; al suo centro è collocato il bassorilievo marmoreo della Visitazione.
Secondo alcune fonti locali l'altare fu concesso nel 1636 alla famiglia Siri di Savona, anche se di fatto l'opera marmorea fu completata nel 1665 dal noto scultore Gian Lorenzo Bernini. Uno studio dello storico Nicolò Mezzana del 1938 già avvalorava tale ipotesi che fu poi confermata in un successivo approfondimento nel 1990 delle studiose Giulia Fusconi ed Eliana Mattiauda. Quindi fu il Bernini ad eseguire il disegno nel suo intero complesso ed egli stesso eseguì l'opera di scultura della parte architettonica; la realizzazione della pala fu poi completata dal suo allievo Matteo Bonarelli di Lucca.
Un dipinto di Bernardo Castello, raffigurante il presepe, è invece conservato nel terzo altare laterale della navata. Del pittore Andrea Semino è opera la pala dell'Annunciazione di Maria nel quarto e ultimo altare.
Così come la parte sinistra anche la navata destra è costituita dalla presenza di quattro altari laterali in marmo. Il primo è intitolato all'Immacolata Concezione e conserva una pala del pittore Paolo Gerolamo Brusco di Savona, allievo della scuola pittorica genovese del Settecento. Ai piedi dell'altare trova spazio il sepolcro del contadino Antonio Botta a cui la Madonna apparve il 18 marzo e l'11 aprile del 1536.
Alla Natività della Vergine Maria è invece dedicato il secondo altare della navata dove è presente la pala del pittore Orazio Borgianni di Roma; di Domenico Zampieri, più noto come il Domenichino, è la pala del terzo altare ritraente la Presentazione di Maria al Tempio e tale dipinto, assieme a quello del Borgianni, è considerato dagli storici dell'arte come uno dei più pregevoli dipinti conservati nel santuario savonese. Il quarto altare ospita la tela del pittore Giovanni Battista Paggi raffigurante il Crocifisso di Gesù.
Considerata il "cuore spirituale" del santuario la paternità dell'opera potrebbe essere attribuita al figlio dell'architetto Antonio Sormano, così come attestano i libri dell'amministrazione savonese dove si annota un contratto del 1557 per una somma di 160 lire. Altri studi attribuiscono a Giovanni Battista Orsolino e al figlio Giovanni la mano delle decorazioni interne della cripta composta da tre archi a tutto sesto.
Stucchi decorati in oro adornano la volta così come i pannelli raffiguranti la Santissima Trinità e la Madonna benedicente la comunità di Savona. Alla destra della statua è presente il tabernacolo, mentre a sinistra è collocato un crocifisso del XV secolo; nelle vetrine laterali sono esposti gli ex voto donati dai fedeli.
Qui si recò il pontefice Pio VII per l'incoronazione della statua in marmo di Nostra Signora della Misericordia il 10 maggio del 1815 e dove, in occasione nella visita papale a Savona e Genova di papa Benedetto XVI del 17 maggio 2008, si è svolta la solenne cerimonia di conferimento dell'onorificenza della Rosa d'oro al santuario.
Il 29 giugno 2011, durante l'orario di apertura del Santuario, sono state rubate due antiche lampade ad olio in argento poste ai lati della statua (visibili nella fotografia).
La statua marmorea, secondo alcuni studi, fu commissionata nel 1560 allo scultore lombardo Pietro Orsolino, padre di Giovanni Battista Orsolino colui a cui viene attribuita la paternità degli Angeli cantori nel frontale della cripta.
La costruzione del coro con sedili e spalliere in legno intarsiato avvenne nel 1644, mentre le tarsie delle spalliere furono eseguite nella seconda metà del XIX secolo ad opera dei fratelli Vincenzo e Giuseppe Garassino di Savona. Un particolare della tarsia della spalliera centrale raffigura la scena biblica dell'Annunciazione di Maria, copia esatta del dipinto del pittore Giuseppe Agostino Ratti, mentre altre spalliere sono state decorate con la tecnica della pirografia. Del pittore Ignazio Scotto è attribuita la paternità della tarsia dietro l'altare maggiore raffigurante Lo sposalizio della Vergine tratto da un dipinto di Raffaello Sanzio.
Costruita nel 1643 la sagrestia è ubicata alla destra dell'altare maggiore in un piano rialzato sopra la cripta. Il grande armadio, facente parte di un notevole assembramento di mobili in legno di noce scolpito e intagliato, è opera del padre gesuita Orazio Grassi di Savona. Dello stesso periodo storico è risalente il leggio in mezzo alla sala.
Risalente al 1928 è l'organo della ditta Malvestio di Padova. Dispone di due manuali (Grand'Organo - Organo Espressivo), 25 registri reali più tutte le unioni gravi ed acute tra le tastiere e la pedaliera. Durante il completo restauro del 1982, a cura della ditta Corno di Bernate d'Arcore (MI) è stato modificato il sistema di trasmissione da pneumatico-tubolare in elettrico, sono stati ricostruiti i somieri, è stata smontata, pulita, intonata ed accordata tutta la parte fonica, è stata ricostruita la Consolle con l'installazione di una centralina elettronica per le combinazioni aggiustabili.
L'affresco, situato presso il catino dell'abside, è un'opera dello stesso periodo storico ed è attribuibile alla mano del pittore Eso Peluzzi e raffigurante angeli musicanti e cantori che inneggiano alla misericordia della Vergine.
Poiché, nel messaggio al beato Botta, la Madonna menziona espressamente le Confraternite, lodando le loro pratiche di pietà, esse si sono sempre sentite legate al Santuario; e non si tratta affatto di un legame che interessa soltanto le Confraternite della Liguria o del basso Piemonte in considerazione del fatto che è stato eretto a Santuario nazionale delle confraternite in data 18 marzo 2009, da S. E. Vittorio Lupi, vescovo della Diocesi di Savona-Noli, accogliendo la richiesta dei delegati CEI per le confraternite, che lo volevano tale.
Ogni anno, il 18 marzo, anniversario dell'apparizione, il vescovo guida la processione fino alla basilica. Le Confraternite - non solo della città, ma dell'intera Diocesi - partecipano numerose, spesso portando anche i caratteristici Crocifissi.