Il Complesso Museale, il più antico del Veneto, è ospitato nei chiostri dell'ex convento dei frati Eremitani. Comprende il Museo Archeologico e il Museo di Arte Medioevale e Moderna, oltre alla Cappella degli Scrovegni.
Raccoglie importanti collezioni di reperti archeologici di epoca paleoveneta, pre-romana e romana e ospita una sezione egizia che fu incrementata dalle scoperte archeologiche dell'esploratore padovano Giovan Battista Belzoni (1778-1823).
Nella ricca pinacoteca, con opere realizzate dal '300 all'800 dai grandi maestri della pittura italiana, vi è esposto il Crocifisso di Giotto, opera dell'inizio del '300, che prima si trovava sopra l'altare della Cappella degli Scrovegni. Segue un importante gruppo di dipinti su tavola del Guariento, tra cui gli "Angeli" provenienti dalla Cappella della Reggia Carrarese. Tra i tanti capolavori del Cinquecento, la "Madonna col Bambino" di Boccaccio Boccacini e alcuni dipinti del Veronese; di grande interesse anche la "Cena in casa di Simone" e "La Crocifissione" di Jacopo Tintoretto. Per il Settecento vanno ricordati "San Giuseppe col Bambino", "Madonna", "Cristo nell'orto degli ulivi" di Giambattista Tiepolo.