Collocata all'angolo tra via Luini e Corso Magenta, fu un tempo sede del più importante monastero femminile dell'Ordine Benedettino, i cui locali oggi sono occupati dal Museo Archeologico di Milano.
La chiesa è di origine antichissima; alcune attestazioni fanno risalire le prime tracce edilizie all’età longobarda, grazie al riutilizzo di alcuni edifici romani. La data ufficiale dell’inizio della costruzione è il 1503, sulle rovine di un’antica chiesa annessa al monastero delle Benedettine e probabilmente opera dell'architetto e scultore Gian Giacomo Dolcebuono, assistito dal Battaggio e dall’Amadeo, con cui lavorò anche al Duomo di Milano, alla Certosa di Pavia e per la chiesa di Santa Maria presso San Celso.
L’opera fu ripresa quindici anni dopo da Cristoforo Solari. Il fianco della chiesa, su Via Luini, fu rifinito nel 1872 da Angelo Colla, mentre la facciata fu completata successivamente, nel 1896. Tanto è essenziale l’esterno, in pietra di Ornavasso, tanto è sfarzoso l’interno, ricco di ori e affreschi (cicli pittorici degli artisti: Luini, Boltraffio, Bergognone, Antegnati e Campi) costituito da un’unica navata fiancheggiata da alcune piccole cappelle coperte da volte a botte e sormontate da una loggia a serliana.
Il coro delle monache è occupato al centro da un pregiatissimo organo del 1554 di Gian Giacomo Antegnani con ante dipinte a tempera da Francesco Medici.
La chiesa è completamente affrescata da alcuni tra i più importanti artisti del '500 lombardo, tra cui Bernardino Luini, il figlio Aurelio e Paolo Lomazzo. All'esterno si può ammirare il Chiostro del Monastero e nel giardino le due torri romaniche quadrangolari  inserite nelle antiche mura di Massimiano. Attualmente i locali del monastero ospitano il Museo Archeologico di Milano.