Fervore e zelo missionario sono all’origine della Basilica del Corpus Domini. Furono i Carmelitani presenti in questa zona di Milano a dare origine a questa realtà spirituale e caritatevole. La loro presenza in città risale al 1268, quando i religiosi erano presenti nelle vicinanze di sant'Ambrogio ad Nemus: avevano lì il convento e una chiesa dedicata all'Annunciazione, probabilmente per ricordare le origini palestinesi dell'Ordine.
Nel 1611, dopo aver molto faticato per ottenere il permesso del Cardinale Federico Borromeo, giunsero gli "Scalzi" di Santa Teresa, e nel 1614 lo stesso Cardinale consacrò la nuova chiesa da loro edificata in onore del cugino San Carlo Borromeo, da poco elevato agli onori degli altari e che per lunghi anni era stato Protettore dell'Ordine Carmelitano presso la Curia Romana.
A Porta Nuova, su cui sorgevano la chiesa ed il convento di San Carlo, trovarono posto nel 1674, anche le Monache Scalze della Riforma Carmelitane ma le varie soppressioni di Maria Teresa prima e di Napoleone poi, cancellarono ogni traccia degli Scalzi in Milano, finché padre Beccaro ottenne dall'Arcivescovo Card. Andrea Ferrari la segnalazione della zona attorno all'Arco della Pace, al Sempione, sempre più popolata e quindi bisognosa di assistenza spirituale.
Nel 1894 Padre Beccaro, di ritorno dalle Indie dove era stato missionario fece costruire una primitiva chiesetta in legno da cui nacque il complesso monumentale della Basilica del "Corpus Domini" e di tutte le Opere annesse, come il convento, la tipografia, l’Istituto dei Piccoli Derelitti. Delle attività legate a quegli anni intensi di opere materiali e spirituali, legate alla Basilica, rimane la Pia Opera del Suffragio.
Il progetto è del 1894, ad opera dell’arch. Ippolito Marchetti, ma la costruzione della chiesa (inferiore) fu iniziata nel 1899. La parrocchiale è composta da due chiese sovrapposte, in stile romanico-bizantino; la parte superiore fu aggiunta nel 1910.La parrocchiale è composta da due chiese sovrapposte, in stile romanico-bizantino; la parte superiore fu aggiunta nel 1910.
La comunità ha origine da un edificio religioso ricavato da uno dei Padiglioni dell’Esposizione della Fiera Campionaria, quando padre Beccaro, di ritorno dalle Indie, immaginò che in quella zona di Milano attorno all’Arco della Pace abitassero persone bisognose di aiuto pratico e spirituale.
La chiesa si trova in una delle prime vie collegate nel 1884 a Piazza Duomo con la linea del tranvai elettrico urbano.Il complesso dell’edificio che trasmette un senso di “casa” e solidità, tratti tipici degli edifici religiosi della città, è alleggerito e impreziosito dagli eleganti rosoni laterali. Lo schema decorativo ripetuto aiuta proprio ad attutire la monumentalità dell’edificio.L’ampia facciata a capanna e la costruzione in cotto, contribuiscono a dare un’immagine “concreta” della casa di Dio, immersa nelle tribolazioni e nelle esigenze quotidiane della gente.