La storia della chiesa è strettamente legata alla figura della regina Eleonora d’Angiò, moglie di Federico II d’Aragona e sorella del minorita San Ludovico da Tolosa: una lapide ricorda che nella chiesa sono custodite le spoglie della regina che morì nel 1343. In una tela di pittore anonimo del Settecento (a sinistra dell’ingresso) è rappresentata la regina in compagnia di Santa Chiara fondatrice dell’ordine delle Clarisse. L’interno della chiesa e ampio e luminoso e vi si possono ammirare varie e dipinti di P. Liotta, G. Rapisardi, G. Zacco.

L’ampia area presbiteriale, coperta da una finta cupola con i pennacchi dipinti, ha al centro un bellissimo altare cinquecentesco; sullo sfondo è un grande affresco di F. Battaglia con l’episodio dell’indulgenza della Porziuncola.

A destra dell’altare è l’organo sul quale si esercitava il piccolo Vincenzo Bellini che era nato nel palazzo Gravina-Cruyllas che si trova proprio di fronte alla chiesa. Oggi nella casa natale di Bellini è stato allestito un museo che conserva manoscritti e memorie del grande musicista catanese.