Il Museo Nicolaiano di Bari, inaugurato il 6 febbraio del 2010, raccoglie emergenze storico artistiche legate alle vicende della Basilica di San Nicola. Dipinti e paramenti sacri, epigrafi, pergamene e codici miniati provenienti dall'Archivio della Basilica ed ancora oggetti preziosi offerti da pontefici, pellegrini e vescovi quali smalti, stemmi, reliquiari, calici e argenti provenienti dal Tesoro.
Di particolare interesse, l’esposizione di due significativi reperti rinvenuti nel corso degli scavi svolti nell’ultimo decennio nella Cittadella Nicolaiana sotto la direzione scientifica della Soprintendenza per i Beni Archeologici della Puglia. Si tratta del blocco di trabeazione di età romana e dell’insegna di pellegrinaggio di età medievale (XIII-XIV sec.) raffigurante San Nicola, recuperati rispettivamente nel sottosuolo del Museo Nicolaiano e della Biblioteca del centro Studi Nicolaiani.