Le Musée Civique de La Spezia a été fondé en 1873 autour d'un premier noyau de collections de naturalistes offert par Cesare Pondenzana (1840-1884), père de Giovanni Podenzana. Avec les encouragements et l’aide du géologue Giovanni Capellini de La Spezia, trois mois seulement après sa fondation, le Musée abritait déjà, outre les collections zoologiques, les découvertes archéologiques mises au jour lors des fouilles des bassins et des quais de l’Arsenal militaire, ainsi que ainsi que des parchemins, des cartes géographiques et des documents concernant l’histoire de la ville. Plus tard, au tournant du siècle, la recherche paléo-paléthnologique sur le territoire a connu un essor considérable, mené par d'éminents scientifiques, dont Giovanni Capellini lui-même.

L'intérêt croissant pour le territoire et son histoire la plus ancienne ont conduit à des découvertes archéologiques très importantes. À partir des premières décennies du XXe siècle, le musée s’enrichit de statues de stèles appartenant aux âges du cuivre et du fer. L'afflux continu de matériaux archéologiques, naturalistes et ethnographiques et les nombreux dons de citoyens et d'érudits locaux ont entraîné de nombreux changements dans les locaux du Musée: des petites salles situées au rez-de-chaussée du théâtre civique aux espaces de plus en plus grands tels que la ville. Hall in corso Cavour, les salles du lycée municipal, Palazzina Crozza, où se trouve actuellement la bibliothèque municipale, l’église et le couvent des Clarisses, Palazzina Crozza à nouveau, et enfin son emplacement actuel, le château de San Giorgio, restauré et rendu aux citoyens avec son nouveau tracé et l'exposition des collections archéologiques civiques.

Le musée est dédié à Ubaldo Formentini, directeur de la bibliothèque et du musée municipal de 1923 à 1958, ce qui en fait le centre idéal de la vie culturelle de La Spezia. La Spezia avait obtenu son autonomie de province et Formentini, qui avait été l’un des promoteurs les plus actifs de cette reconnaissance, devint, avec ses qualités spéciales d’investigateur aiguisé de l’histoire et des coutumes de la population de la Lunigiana, un exemple et un guide pour la formation d'une fierté civique égale à la dignité de la nouvelle capitale provinciale.