L'institution que nous appelons aujourd'hui l'université a commencé à prendre forme à Bologne à la fin du onzième siècle, lorsque des maîtres de grammaire, de rhétorique et de logique ont commencé à se consacrer au droit. Au XIXe siècle, un comité d'historiens, dirigé par Giosuè Carducci, attribue la naissance de l'Université à l'année 1088.
Les premiers érudits recensés sont Pepone et Irnerio, ce dernier étant défini comme "lucerna iuris". ". Sur les conseils de quatre docteurs réputés être leurs élèves, Federico I promulgue en 1158 la Constitutio Habita, dans laquelle l'Université est légalement déclarée un lieu où la recherche peut se développer indépendamment de tout autre pouvoir.
Au 14ème siècle, de prétendus "artistes" - spécialistes de la médecine, de la philosophie, de l'arithmétique, de l'astronomie, de la logique, de la rhétorique et de la grammaire - ont commencé à collaborer avec l'école de juristes. En 1364, l'enseignement de la théologie a été institué.
Dante Alighieri, Francesco Petrarca, Guido Guinizelli, Cino da Pistoria, Cecco d'Ascoli, Re Enzo, Salimbene da Parma et Coluccio Salutati ont tous étudié à Bologne.
Au XVème siècle, des études grecques et hébraïques ont été instituées, et au XVIème siècle, celles de "magie naturelle", c'est-à-dire de science expérimentale. Le philosophe Pietro Pomponazzi a défendu l'étude des lois de la nature contre la position traditionaliste de la théologie et de la philosophie. Ulisse Aldrovandi est un personnage représentatif de cette période. Il a apporté des contributions allant de la pharmacopée à l’étude des animaux, des fossiles et des merveilles de la nature qu’il a collectionnées et classées.
Au 16ème siècle, Gaspare Tagliacozzi achève les premières études de chirurgie plastique. Mais l'âge d'or de la médecine bolognaise a coïncidé avec les enseignements de Marcello Malpighi au 17ème siècle, utilisant le microscope pour la recherche anatomique.
La renommée de l'université s'était répandue dans toute l'Europe et c'était une destination pour de nombreux invités illustres. Pico della Mirandola et Leon Battista Alberti, qui se sont consacrés au droit canonique, étaient des érudits et des étudiants célèbres. Nicolò Copernico a commencé ses observations astronomiques en étudiant le droit pontifical. Paracelso, Raimundo de Pegñafort, Albrecht Dürer, Saint-Carlo Borromée, Torquato Tasso et Carlo Goldoni ont tous passé du temps à l'université.
Avec la révolution industrielle du 18ème siècle, l'Université a favorisé le développement scientifique et technologique. Luigi Galvani, qui, avec Alessandro Volta, Benjamin Franklin et Henry Cavendish, fut l’un des fondateurs des études électrotechniques modernes.
Après la création de l'État uni italien a été une période de grande prospérité dans laquelle se distinguent les personnages de Giovanni Capellini, Giosuè Carducci, Giovanni Pascoli, Augusto Righi, Federigo Enriques, Giacomo Ciamician et Augusto Murri.
En 1888, le huitième centenaire de l'Université a été célébré par une grande cérémonie où toutes les universités du monde se sont réunies à Bologne pour rendre hommage à la mère des universités, représentant leurs racines communes et leurs idéaux de progrès et de tolérance. La cérémonie est devenue un festival d'études international.
L'Université a maintenu sa position centrale sur la scène de la culture mondiale jusqu'à la période de l'entre-deux-guerres, lorsque d'autres pays sont passés au premier plan dans l'enseignement et la recherche. Bologne a donc été appelée à nouer des relations avec les institutions des pays les plus avancés pour moderniser et développer son activité. Parmi les nombreux défis qu’elle a rencontrés, Bologne s’est engagée dans la dimension européenne qui a conduit à l’adoption du nouveau système universitaire.

Texte extrait du site de l'Université de Bologne
L'Université aujourd'hui

Le 18 septembre 1988, sur la place principale de Bologne (Piazza Maggiore), les recteurs de 430 universités ont signé la Magna Charta Universitatum Europaeum. La Magna Charta, qui a depuis été signée par 400 autres recteurs, affirmait l'autonomie de l'Université, lien essentiel entre les activités d'enseignement et de recherche qui transcendent les limites imposées par "toute frontière géographique ou politique". La signature a eu lieu dans le cadre du neuvième centenaire de l'Université de Bologne, qui a été officiellement reconnue comme Alma Mater de toutes les universités.
Depuis 1989, Alma Mater a mené à bien le plus grand programme de décentralisation de l'histoire des universités italiennes, en établissant de nouvelles antennes sur le campus universitaire dans quatre villes de Romagne - Cesena, Forlì, Ravenna et Rimini.