Instrumentální muzeum Akademie Santa Cecilia bylo založeno v roce 1895 se jménem starověkého a moderního instrumentálního muzea Akademie s cílem nabídnout široký přehled o různých typech nástrojů kultivované a populární hudební tradice.

Jeho původy se datují zpět na historický koncert propagovaný římskou hudební společností v květnu 1889, během nichž se hrály starobylé nástroje.Pět z nich bylo darováno Akademii a je vystaveno v muzeu.

V roce 1900 byla sbírka započítána 77 nástrojů, částečně zakoupených Akademií, částečně darovanými antikéristy a sběrateli.V roce 1926 byla darována sbírka Lutes a Mandolins of Queen Margherita ze Savoy, sestávající z 26 exemplářů neapolských a milánských škol.

Další nápadný počet exemplářů pocházel z národních soutěží o umění výroby Lutes (1952-56) podporované Akademií a z daru v roce 1962 houslistou Gioacchino Pasqualini.V současné době jsou v showcasech vystaveny pouze část 260 nástrojů sbírky.

Nejdůležitějším a nejznámějším exemplářem je housle Stradivari zvané „Il Toscano“ medikačního kvarteta zakoupeného v roce 1953 italským státem pro akademii.Vzorky oblouků pocházející z šestnáctého století a vlámský spine z roku 1623 jsou cenné.

Obzvláště zajímavé jsou 80 vzorků etnografické části pocházející ze střední a jižní Itálie, kontinentální Evropy, střední Afriky, Středního východu a na Dálném východu.