Byggd av Sigismondo Pandolfo Malatesta, Riminis härskare från 1432 till 1468, står templet på en plats som ockuperats av kyrkan Santa Maria i Trivio och från 1200 -talet och framåt av San Francesco -kyrkan.Detta dekorerades med målningar som nu har gått förlorade, bortsett från en korsfästelse av Giotto, det enda verket av denna konstnär i Rimini, som går tillbaka till början av 1300 -talet.Nära kyrkan låg ett kloster och en kyrkogård där flera medlemmar av Malatesta -familjen begravdes.

Med templet, aldrig avslutat under sin livstid, lyckades Sigismondo i sin ambition att återförena sina familjereliker på en enda plats.

Arbetet med templet startade 1447 med öppningen av två sepulcher -kapell för Sigismondo och hans tredje hustru, Isotta Degli Atti.Sigismondo bestämde sig sedan för att återuppbygga kyrkan i sin helhet och anförde projektet till Leone Battisti Alberti, som inspirerades av romerska traditioner, sett i fasaden och på sidoväggarna, som minns Augustus Arch och Tiberius Bridge.Det yttre elegansen matchades av rika inredningar.Matteo Dei Pasti och Agostino Di Duccio arbetade med en nästan bildkänslighet på marmorytorna i de sex sidokapellen.

Dekorationerna kan tolkas på många sätt, från firandet av kärleken till Sigismondo och Isotta till filosofiska teman, men det som framträder framför allt är Sigismondos personlighet, sett knä före St Sigismund i en fresco av Pierodella Francesca, och också dominerande i skildringen av Rimini i kapellet på planeterna, ovanför som är tecknet på cancer, Sigismondos eget stjärntecken.