The present appearance of the Royal Palace, home to the dynasties that governed Pisa in modern times, is the result of rebuilding during the late 16th century, by will of Francesco I de' Medici, who decided to abandon the “Palazzo Vecchio” situated besideSan Matteo -kyrkan och köp marken och husen i området mellan Via Santa Maria, Church of St. Nicolas och floden L'Arno.Det nya palatset är en enda byggnad med utsikt över Lungarno.Den enda byggnad som tidigare på platsen som skonades var "tornet i Golden Rod" (Della Vergadoro), från vilken Galileo sägs ha visat natthimlen till Grand Dukes, genom sitt teleskop.
Idag, Palazzo Reale, huvudkontoret för Soprintendenza Ai Beni Artistici, Paesaggistici e Demoetnoantropologici, innehåller också samlingen av Superintendency's National Museum, som inrättades 1989.

Förutom en samling av Antique Armor från GiocoDel Ponte, ett evenemang exklusivt för Pisa, från medeltiden, som hålls varje år på Ponte di Mezzo, det finns många porträtt av Medici och Lorraine -familjer, målade av kända konstnärer som Bronzino E Tempesti.Det finns också en samling fina tapisserier och värdefulla möbler som tillhörde familjerna Medici, Lorraine och Savoy.

Tack vare donationer och förvärv har museet viktiga samlingar som hänför sig till vissa områden: CECI -testamentet är till exempel en betydande grupp av 1600 -talets flamländska och italienska målningar, antika möbler och ädla ceramik från Italienoch England.Det finns också en riklig samling gipsgjutningar och målningar av Italo Griselli, en stor italiensk skulptör och porträttmålare från första hälften av 1900 -talet.
Museet är också värd för intressanta tillfälliga utställningar.