Byggandet inleddes den 17 april 1565 för att bygga en kyrka för ordningen av Knights of St Stephan, grundad av Grand Duke Cosimo de 'Medici för att bekämpa Saracen piratkopiering i Medelhavet.Projektet med mönster och övervakning av Giorgio Vasari och David Fortini skulle bygga en kyrka på platsen för en äldre kyrka som heter San Sebastiano Alle Fabbriche Maggiori, som daterade åtminstone till 1074. Den nya kyrkan på platsen invigdes av 21 december 21 21 december 21, 1569. Fasaden, i vit marmor designades av Don Giovanni de 'Medici, illegitima son till Cosimo I, med hjälp av Alessandro Pieroni;Deras mönster valdes över Vasaris ursprungliga plan.En inskription firar färdigställandet under regeringstiden för Ferdinando i de 'Medici.

Klocktornet, också designad av Vasari, slutfördes år 1572 av Giovanni Fancelli.Huvudalterkonstruktionerna var av Pier Francesco Silvani.Många förändringar och tillägg föreslogs och gjordes under de kommande två århundradena, inklusive planer av Gherardo Mechini, Paolo Guidotti, Ranieri Gherardi, Torpè Donati, Alessandro Gherardesca, Florido Galli, Niccolò Matas och Pasquale Poccianti.Den slutliga rekonstruktionen 1859, som slutfördes efter undertrycket av beställningen, skapar den tydligare inre systematiseringen av kolumner vi ser idag.
Kyrkan visar många trofébannrar, fångade under marinmöten med Saracen Pirates.Teckensnittet för heligt vatten (1568) skulpturerades av Giovanni Fancelli, baserat på mönster av Vasari.

I kontakaden finns fem monokroma målningar av berättelser om St Stefano Pope och Martyr, inklusive en som firar ingången till Ferdinando I den 31 mars 1588. Denna storslagen duke skulle beställa trätaken av Bartolomeo Atticciati (1604).

Taket har sex målningar på trä som visar avsnitt Historiska händelser där den militära ordningen var aktiv, inklusive beviljandet av uniformer av Cosimo I de 'Medici av Il Cigoli, återkomsten av flottan från slaget vid Lepantooch Sacking of Prevesa av Jacopo Ligozzi, The Embating at Livorno of Maria de 'Medici av Allori, Victory in the Greek Archipelago och Capture of Bona av L'Empoli.

Polychrome -predikstolen (1627) avslutades av Chiarissimo Fancelli.Den innehåller målningar av Pisan Aurelio Lomi från Madonna och barn med heliga Joseph och Stefano (1593) och en målning av ordningen.
Huvudalteret (1702–1709) i presbyteriet designades och skulpterades av Giovanni Battista foggini med en staty av Stefano Pope och allegoriska figurer av religion och tro, och på bronstronen, en lättnad med avvecklingen av ST STStefano.Till höger är en målning av Giorgio Vasari, med Entombment of St Stefano (1571), medan till höger är en födelse av Kristus (1564) av Bronzino.

I sakristien finns en skulpturell grupp av Foggini från St Stefano och förnuftens allegori och treenigheten (1683), gjord i enlighet med översättningen av den heliga kroppen till denna kyrka 1682.

Kapellet för det heliga sakramentet slutfördes 1837 av Florido Galli.