Помещения музея находятся в древнем Spedale Nuovo, построенном в середине 13-го века по завещанию папы Александра IV как «pellegrinaio» (убежище для паломников) для записи примирения между Пизой и Святым Престолом. Мы в долгу перед Спедейлом Джованни ди Симоне, который считается архитектором Монументального кладбища.

Здание оставалось частью больницы до 1969 года, когда было решено отремонтировать его и использовать в качестве помещения для Museo delle sinopie. 27 июля 1944 года граната, выпущенная американской артиллерией, подожгла крышу Кампосанто. Расплавленный свинец поливал фрески на стенах. В то время считалось, что единственным средством спасения этих картин было снятие их со стен. Эта операция выявила синопию, то есть подготовительные рисунки красной охры под фресками. Из-за их уязвимости они тоже были сняты со стен и помещены в новый музей, разработанный, подготовленный и организованный Джованна Пьянкастелли Полити, Гаэтано Ненчини и Антонино Калека.

Это самая большая коллекция средневековых рисунков в мире. В нем мы видим художника, работающего в полном разгаре своего творчества. Во многих местах можно различить несколько раздач, даже если конечный результат одинаков по стилю, например, в Распятии, приписанном Франческо Трайни (1335), и в цикле «Триумф смерти, Страшный суд и Тебейд», вероятно, работа Буффальмакко. Подготовительные рисунки (синопии) поздних циклов (конец 1300–1400-х годов), такие как «Истории Иова» Таддео Гадди, «Истории святого Раньера» Андреа Бонаюти и «Истории из Ветхого Завета» Беноццо Гоццоли, также представлены в музей.