Музей расположен в залах старого бенедиктинского монастыря С. Маттео в Соарте (11 век), очень мало из которых осталось после переделок и реставраций после последней войны, кроме церкви и нескольких кусков средневековой стены.

Поздние средневековые монастыри были построены из кирпича с двойными амулетами, колоннами и капителями, почти все оригинальные на верхнем этаже. Колоннада была в значительной степени реструктурирована в 16 веке, вместе с другими частями, закрытыми для публики. В начале 19 века была установлена ​​глава Канонесс, и в это время, вероятно, была построена неоклассическая запись. Между 1866 и 1940 годами он стал городским следственным изолятором, что потребовало большой структурной адаптации.

Преобразование в музей и реставрация здания произошли в годы после Второй мировой войны. Национальный музей Сан-Маттео родился в 1949 году благодаря Пьеро Санпаолеси. Это было основано на эстетическом качестве выставленных работ. Позже было решено сгруппировать экспонаты по типу и объединить оригинальные ансамбли.

Музей содержит самую большую коллекцию произведений искусства в Пизе. Здесь есть замечательный магазин средневековой керамики, в основном керамические бассейны со всего Средиземноморья, а также средневековая и современная посуда, найденная во время раскопок в Пизе (коллекция Тонгиорги). Есть несколько драгоценных камней и коллекция средневековых монет и печатей из коллекций Франчески и Супино. Важный раздел с освещенными кодексами содержит примеры с 12 по 14 века, удивительно богатые по освещению. Есть каменные статуи, датируемые средним возрастом до 16-го века, в частности, прекрасные образцы романской скульптуры и шедевров Никола Пизано и Донателло. Существует также коллекция деревянных скульптур и соответствующих картин с более чем двумя сотнями произведений, начиная с самого начала 1200-х годов и до современности, знаменитыми художниками, такими как Джунта Пизано, Берлингеро, Симоне Мартини и Масаччо, и это лишь некоторые из них.