A aparição atual do Palácio Real, lar das dinastias que governavam Pisa nos tempos modernos, é o resultado da reconstrução durante o final do século XVI, por vontade de Francesco I de 'Medici, que decidiu abandonar o “Palazzo Vecchio” situado ao ladoIgreja de San Matteo e compre a terra e as casas na área entre via Santa Maria, a Igreja de St. Nicolas e o rio L'Arno.O novo palácio é um único edifício com vista para o Lungarno.O único edifício anteriormente no local a ser poupado foi a “Torre da Rod Golden” (Della Vergadoro), da qual o Galileu teria mostrado o céu noturno para os Grand Dukes, através de seu telescópio.Hoje, Palazzo Reale, sede da SoprIntendenza Ai Beni Artistici, Paesaggistici e DemoetnoAntropologici, também abriga a coleção do Museu Nacional da Superintendência, instituído em 1989.Del Ponte, um evento exclusivo de Pisa, datado da Idade Média, realizado todos os anos em Ponte di Mezzo, há muitos retratos das famílias Medici e Lorraine, pintadas por artistas famosos como Bronzino e Tempesti.Há também uma coleção de tapeçarias finas e móveis valiosos que pertenciam às famílias Medici, Lorraine e Savoy.

graças a doações e aquisições, o museu possui coleções importantes relacionadas a áreas específicas: o legado da CECI, por exemplo, é um grupo substancial de pinturas flamengas e italianas do século XVII e 18, móveis antigos e cerâmica preciosa da Itáliae Inglaterra.Há também uma ampla coleção de elencos de gesso e pinturas de Italo Griselli, um importante escultor italiano e pintor de retratos da primeira metade do século XX.
O museu também recebe exposições temporárias interessantes.