A construção começou em 17 de abril de 1565, a fim de construir uma igreja para a Ordem dos Cavaleiros de São Stephan, fundada pelo Grão -Duque Cosimo de 'Medici para combater a pirataria sarracena no Mediterrâneo.O projeto com projetos e supervisão de Giorgio Vasari e David Fortini deveria construir uma igreja no local de uma igreja mais antiga chamada San Sebastiano Alle Fabbriche Maggiori, que datou de pelo menos 1074. A nova igreja no local foi consagrada em 21 de dezembro. 21, 1569. A fachada, em mármore branco, foi projetado por Don Giovanni de 'Medici, filho ilegítimo de Cosimo I, com a ajuda de Alessandro Pieroni;Seus projetos foram escolhidos sobre o plano original de Vasari.Uma inscrição comemora a conclusão durante o reinado de Ferdinando I de 'Medici.

A torre de sino, também projetada por Vasari, foi concluída em 1572 por Giovanni Fancelli.Os principais designs do altar foram de Pier Francesco Silvani.Muitas alterações e adições foram propostas e feitas nos dois séculos seguintes, incluindo planos de Gherardo Mechini, Paolo Guidotti, Ranieri Gherardi, Torpè Donati, Alessandro Gherardesca, Florido Galli, Niccolò Matas e Pasquale Poccianti.A reconstrução final em 1859, concluída após a supressão da ordem, cria a sistematização interior mais clara das colunas que vemos hoje.
A igreja exibe numerosos banners de troféus, capturados durante os encontros navais com piratas sarracenos.A fonte da água benta (1568) foi esculpida por Giovanni Fancelli, com base em projetos de Vasari.

Na contra-fabricação, há cinco pinturas monocromáticas de histórias de St Stefano Pope e Mártir, incluindo uma comemorando a entrada de Ferdinando I em 31 de março de 1588. Este avô deveria encomendar o teto de madeira de Bartolomeo Atticciati (1604).

O teto tem seis pinturas sobre os episódios de madeira que representam eventos históricos em que a ordem militar estava ativa, incluindo a concessão de uniformes por Cosimo I de 'Medici por Il Cigoli, o retorno da frota da batalha de Lepantoe saques de Prevesa por Jacopo Ligozzi, a embolgação em Livorno de Maria de 'Medici por Allori, vitória no arquipélago grego e captura de Bona por L'Empoli.

O púlpito policromo (1627) foi concluído por Chiarissimo Fancelli.Ele contém pinturas do Pisan Aurelio Lomi de Madonna e criança com os santos Joseph e Stefano (1593) e uma pintura do palácio da ordem.
O altar principal (1702-1709) no presbitério foi projetado e esculpido por Giovanni Battista Foggini com uma estátua de St Stefano Pope e figuras alegóricas da religião e da fé, e no trono de bronze, um alívio com a decapitação de STStefano.À direita, há uma pintura de Giorgio Vasari, com o sepultamento de St Stefano (1571), enquanto à direita é um nascimento de Cristo (1564) por Bronzino.

Na sacristia é um grupo escultural de Foggini de St Stefano e a alegoria da razão e da Trindade (1683), feita em ocasião da tradução do corpo do santo para esta igreja em 1682.

A capela do Santo Sacramento foi concluída em 1837 por Florido Galli.