Instalado em 1923 para comemorar o 400º aniversário da morte de Pietro PeruGino, foi reaberto em 2000 com um novo layout que serpenteia por 25 quartos em dois andares, através dos restos sugestivos de Palazzo di Martino IV, Palazzo Dei Consoli e PalazzoDel Capitolo Dei Canonici.No cofre subterrâneo, há um tablet de pedra relacionado ao layout urbano de Perugia nos tempos etruscos-romanos.

Exibindo obras de arte e decorações religiosas de igrejas em toda a diocese e da catedral, além de doações, preserva numerosas pinturas e esculturas do século XIV ao século XIX, incluindo obras dos workshops de ArnolfoDi Cambio e Agnolo Daddi e outros de Meo da Siena, Giannicola di Paolo e Bartolomeo Caporali.O maneirismo precoce e o século XVII são representados pela obra de Danti, Scaramuccia e Batini.Particularmente digno de nota é o retábulo de Sant'Onofrio de Luca Signorelli (1484), retratando a entrona Madonna e Child, um anjo que toca um instrumento e, ao lado, João Batista e os santos Onofrio e Lorenzo juntamente com o partido de comissionamento.