Kościół założony w 1230 r. Nosił nazwę S. Maria del Ponte novo (St. Mary's by New Bridge) i był oratorium wotywnym. Kiedyś znajdował się u podnóża mostu, który łączył św. Antonio z via S. Maria. Nadano mu nazwę, którą dziś nosi w 1333 r., Kiedy cierń z Korony Cierniowej Chrystusa został przekazany oratorium.

W XIII wieku Kościół przeszedł wiele zmian w swojej architekturze i dekoracji. Powszechnie uważa się, że reżyserem prac był Lupo di Francesco, artysta, który studiował i pracował w warsztacie Giovanniego Pisano. Wziął ozdobne motywy frontonów i sterczyn z frontów katedralnych w Sienie i Orvieto i zmieszał je z projektami typowymi dla pomników pogrzebowych.

Silne związki ze stylem Giovanniego Pisano są wyraźnie widoczne w rzeźbach, zwłaszcza w rzędzie Apostołów. Wysokość frontu kościoła jest przedłużona o trzy wieże, a fasada jest podzielona centralnym pilastrem zwieńczonym aedykulą otaczającą Madonnę i Dziecko między dwoma Aniołami. Powyżej, na szczycie dwóch frontonów, znajdują się posągi Zwiastowania i Odkupiciela (warsztat Andrei Pisano). Wnętrze jest proste, ze ścianami zdobionymi poziomymi paskami dwukolorowego marmuru. Na ołtarzu głównym znajdują się posągi przypisywane Nino i Andrei Pisano, Madonnie z Dzieciątkiem, św. Janowi Chrzcicielowi i św. Piotrowi.

Przybytek na lewej ścianie niegdyś posiadał relikwię cierńską, obecnie w kościele S. Chiara; w ścianie frontowej znajduje się ołtarz, na którym kiedyś stała Madonna del Latte Andrei i Nino Pisano (obecnie w Muzeum S. Matteo). Z powodu osiadania kościół często musiał być naprawiany i ostatecznie, w połowie XIX wieku, postanowiono go rozebrać i przenieść na pozycję powyżej koryta rzeki, gdzie został zbudowany, w wyniku czego zakrystia została zniszczona i kilka utracone posągi.