De kerk gebouwd rond 1490, waarschijnlijk ontworpen door Francesco di Giorgio.Het werd uitgebreid tussen 1495 en 1496 door Magnifico Despota Pandolfo Petrucci.
Gebouwd in de Renaissance -stijl, werd het oorspronkelijke complex beschadigd tijdens het beleg van Siena in 1554.
Het werd herbouwd tijdens de barokperiode en hersteld tussen 1922 en 1932.
Tijdens de Tweede Wereldoorlog was het bijnaVolledig vernietigd door Amerikaanse bombardementen op 23 januari 1944, maar in een ambitieus naoorlogse wederopbouwproject kon de oorspronkelijke Basilica worden herbouwd door foto's en bewijsmateriaal gepresenteerd door de monniken van het klooster.