In de late middeleeuwen behoorde het gebouw dat vandaag Palazzo Blu is tot een van de belangrijkste families in de geschiedenis van Pisa, de Dell’Agnellos, die naast elkaar in twee torenhuizen woonden.In 1356 besloten ze zich aan te sluiten bij een van hun woningen door een brug te bouwen over een reeds bestaande straat.Dit tweede gebouw bevindt zich aan de oostkant van het Palazzo en gaat verder terug naar het zuiden.Het resultaat van dit werk werd door hedendaagse bronnen verklaard als een heel goed gebouw en Palzzo ("Bellissimo Edificio E Palazzo") ideaal voor de politieke status van deze familie die in 1364 Doges van de stad werd.Ondanks dat hij in 1368 werd verbannen, konden de Dell’Agnello het gebouw behouden: toen in 1494 de Franse koning Charles Viii naar Pisa kwam, verbleef hij in het huis van Messer Giambernardino Dell’Agnello, Lungarno Santa Cristina.

In de jaren 1500 ging het palazzo over naar de Sanciani en vervolgens de families van Del Testa.Op enig moment tussen 1577 en de verkoop in 1789 aan de Bracci Cambinis, werd de gevel opnieuw ontworpen met rechthoekige ramen ingelijst in zandsteen en een centrale deur met een knielend raam met een balkon.In 1807 was het gebouw eigendom van de familie Count Archinto, die ook een deel van de openbare hal kocht om de gevel naar het westen te vergroten.Ze bedekten de oude brug en kneep de straat samen naast de kerk van S. Cristina.

De kleur van de gevel dateert uit deze periode, misschien om gasten uit St. Petersburg te plezieren die daar woonden.In 1864 werd het gekocht door de Pisan Nobleman Domenico Giuli, die een nieuwe vleugel bouwde, om de gevel symmetrisch te maken en verbond het met Palazzo Casarosa, zijn eigendom.In latere jaren werd het palazzo zoals het vandaag is.

De Fondazione Pisa kocht het Palazzo in de vroege 21e eeuw, waar het zijn hoofdkantoor heeft overgebracht en een centrum voor culturele activiteiten en tentoonstellingen heeft gecreëerd.