De bouw begon op 17 april 1565 om een ​​kerk te bouwen voor de Orde van Knights of St Stephan, opgericht door de Grand Duke Cosimo de 'Medici om te vechten tegen Saracen -piraterij in de Middellandse Zee.Het project met ontwerpen en toezicht door Giorgio Vasari en David Fortini was om een ​​kerk te bouwen op de plaats van een oudere kerk genaamd San Sebastiano All Fabbriche Maggiori, die ten minste gedateerd tot 1074. De nieuwe kerk op de site werd ingewijd tegen 21 december 21., 1569. De gevel, in White Marble werd ontworpen door Don Giovanni de 'Medici, onwettige zoon van Cosimo I, met de hulp van Alessandro Pieroni;Hun ontwerpen werden gekozen boven het oorspronkelijke plan van Vasari.Een inscriptie herdenkt de voltooiing tijdens het bewind van Ferdinando I de 'Medici.

De klokkentoren, ook ontworpen door Vasari, werd voltooid door 1572 door Giovanni Fancelli.De belangrijkste altaarontwerpen waren van Pier Francesco Silvani.Veel wijzigingen en toevoegingen werden voorgesteld en gemaakt in de komende twee eeuwen, waaronder plannen van Gherardo Mechini, Paolo Guidotti, Ranieri Gherardi, Torpè Donati, Alessandro Gherardesca, Florido Galli, Niccolò Matas en Pasquale Pocianti.De uiteindelijke reconstructie in 1859, voltooid na de onderdrukking van de volgorde, creëert de duidelijkere interieurystematisering van kolommen die we vandaag zien.
De kerk vertoont talloze trofee -banners, gevangen tijdens marine -ontmoetingen met Saracen Pirates.Het lettertype voor Holy Water (1568) werd gebeeldhouwd door Giovanni Fancelli, gebaseerd op ontwerpen van Vasari.

In de tegenfacade zijn vijf monochrome schilderijen van verhalen van St Stefano Pope en Martyr, waaronder een die de ingang van Ferdinando I vierde op 31 maart 1588. Deze grootse duke was om het houten plafond door Bartolomeo Atticciati te geven (1604).

Het plafond heeft zes schilderijen op hout met afleveringen historische gebeurtenissen waarin de militaire orde actief was, inclusief het verlenen van uniformen door Cosimo I de 'Medici door Il Cigoli, de terugkeer van de vloot uit de Battle of Lepantoen plundering van prevesa door Jacopo Ligozzi, de embarcatie in Livorno van Maria de 'Medici door Allori, overwinning in de Griekse archipel en verovering van bona door L'Epoli.

De polychrome preekstoel (1627) werd voltooid door Chiarissimo Fancelli.Het bevat schilderijen van de Pisan Aurelio Lomi van Madonna en kind met heiligen Joseph en Stefano (1593) en een schilderij van het paleis van de orde.
Het belangrijkste altaar (1702–1709) in de pastorie werd ontworpen en gebeeldhouwd door Giovanni Battista Foggini met een standbeeld van St Stefano Pope en allegorische figuren van religie en geloof, en op de brons troon, een reliëf met het decapitaat.Stefano.Rechts is een schilderij van Giorgio Vasari, met de entombment van St Stefano (1571), terwijl aan de rechterkant een geboorte van Christus (1564) is door Bronzino.

In de sacristie is een sculpturale groep van Foggini van St Stefano en de allegorie van de rede en de Drie -eenheid (1683), gemaakt door de vertaling van het lichaam van de heilige naar deze kerk in 1682.

De kapel van het heilige sacrament werd in 1837 voltooid door Florido Galli.