De kerk, opgericht in 1230, werd ooit de naam S. Maria del Ponte Novo (St. Mary's by the New Bridge) genoemd en was een votief oratorium.Vroeger was het gelegen aan de voet van de brug die via St. Antonio verbonden was met via S. Maria.Het kreeg de naam die het vandaag nog steeds draagt ​​in 1333, toen een doorn van Christus 'doornenkroon werd geschonken aan het oratorium.

Gedurende de jaren 1300 onderging de kerk vele veranderingen in haar architectuur en decoratie.Er wordt algemeen aangenomen dat de directeur van werken Lupo Di Francesco was, een kunstenaar die in de workshop van Giovanni Pisano had gestudeerd en gewerkt.Hij nam de decoratieve motieven van frontons en pinakels van de kathedraalfronten in Siena en Orvieto en mengde ze met ontwerpen die typisch zijn voor begrafenismonumenten.

De sterke verbindingen met de stijl van Giovanni Pisano zijn duidelijk te zien in de sculpturen, vooral in de rij apostelen.De hoogte van het kerkfront wordt uitgebreid door drie torens en de gevel wordt gedeeld door een centrale pilaster die wordt overwonnen door een Aedicule die een Madonna en het kind tussen twee engelen bekijkt.Boven, bovenaan de twee frontonsen, staan ​​beelden van de aankondiging en de Verlosser (de workshop van Andrea Pisano).Het interieur is eenvoudig, met muren versierd in horizontale strepen van tweekleurig marmer.Op het hoge altaar zijn beelden, toegeschreven aan Nino en Andrea Pisano, van de Madonna en het kind, St. John the Baptist en St. Peter.

De tabernakel aan de linkermuur hield ooit het doorn relikwie vast, nu in de kerk van S. Chiara;In de voorwand is het altaar waar ooit de Madonna del Latte van Andrea en Nino Pisano stonden (nu in het Museum van S. Matteo).Vanwege de verzakking moest de kerk vaak worden gerepareerd en uiteindelijk, halverwege de 19e eeuw, werd besloten om te ontmantelen en te verplaatsen naar een positie hoger boven de rivierbedding waar deze werd gebouwd, met als gevolg dat de sacristie werd vernietigd en verschillendebeelden verloren.