Het was Cosimo I de 'Medici's idee om een ​​scheepswerf in Pisa te bouwen voor de schepen van de krachtige Toscaanse vloot.Het maakte deel uit van een breder schema om Pisa te herstellen in zijn oude pracht, na zijn val in verval na overgave aan Florence in 1509.

In 1562 werd de volgorde van Knights of St. Stephen ingesteld, ook,De scheepswerf ontworpen door Buontalenti, maakte deel uit van dit plan.Tegen 1540 was het al volledig werkzaam, en in 1546 lanceerde deze nieuwe scheepswerf gebouwd door de Medicis de eerste Galera die volledig werd gebouwd door lokale ambachtslieden.

De scheepswerf werd gebouwd in acht gangpaden, elk ongeveer 60 meter lang, 8 meter hoog en 10 meter breed.Al snel moest de tuin worden vergroot.Dus in 1563 moest de nabijgelegen "Giardino dei Semplici" (medicinale kruidentuin) worden verplaatst.De concurrentie van scheepsbouwers in Livorno en Portoferraio en veranderingen in het maritieme beleid begonnen echter al snel een langzame maar onverbiddelijke achteruitgang te veroorzaken totdat de gebouwen in het midden van de 18e eeuw, onder de heerschappij van de familie Lorena, werden aangepast om de paarden van de Dragoons te stabielregiment.

Nu zijn er in het gerenoveerde deel van de scheepswerfgebouwen enkele zeer belangrijke archeologische vondsten te zien.Dit zijn wrakken en objecten van dagelijks gebruik gewonnen uit de oude Etruskische en Romeinse haven.(5e eeuw voor Christus tot 5e eeuw na Christus) in de buurt van het treinstation van San Rossore.Deze objecten moeten het middelpunt worden van het toekomstige museum van de oude schepen.