Situata dove in passato si estendeva la scenografica piazza del “Piano di San Giovanni”, Villa Mazzini sorge nel luogo in cui anticamente si trovava una necropoli romana. Anticamente la piazza fu abbellita e dotata di una grande vasca che fungeva da abbeveratoio per i cavalli, utilizzata anche per lavare i panni e per lo spurgo della seta, in un’epoca in cui questa attività costituiva l’industria primaria della città. In questa vasca, in occasione delle festività della Vergine dell’Assunta, si faceva galleggiare una galea fatta di materiali preziosi, costruita a spese del clero, raffigurante alcune scene dell’Ambasceria a Maria di Nazareth. Essa, secondo la tradizione, voleva ricordare il ritorno a Messina degli ambasciatori che nel 42 d.C. erano andati in Palestina a trovare Maria di Nazareth, oppure, secondo alcuni, il vittorioso ritorno in città della flotta cristiana che, al comando di don Giovanni d’Austria, sconfisse nel 1571 l’impero ottomano durante la battaglia di Lepanto, oppure, secondo altre fonti, il miracoloso arrivo nel porto di Messina di misteriosi vascelli carichi di grano durante un periodo di grande carestia. 

Conosciuto anche con il nome di “Giardino della Flora”, per la varietà di piante, anche esotiche, ivi presenti, oggi, dopo vari rimaneggiamenti e ristrutturazioni, la villa si presenta sistemata a “giardino all’italiana”, con aiuole delimitate da vialetti in cemento e da ampi spazi dedicati al gioco dei bambini e al passeggio. Sparsi tra i vialetti si incontrano busti di personaggi illustri, tra i quali lo stesso Giuseppe Mazzini e Francesco Maurolico. 

La villa è anche sede dell'Acquario Comunale.