L’Orto Botanico di Messina fu fondato (col nome di Giardino dei Semplici) nel 1638, con decreto dell’Università di Messina, da Pietro Castelli: romano, allievo del grande scienziato Cesalpino, professore di filosofia e medicina nell’Archiginnasio di Messina, già direttore a Roma degli Orti Farnesiani, era stato conteso con Padova, che lo aveva richiesto per la propria Università. Il terreno fu concesso dal Senato di Messina che sostenne anche le spese per la sua costruzione. L’Orto era sito proprio dietro Porta Imperiale, lungo le mura cittadine. Fu il primo in Sicilia ed uno dei primi e più grandi (circa 50 x 560 metri) in Occidente e fu subito celebrato da molti come un vero e proprio monumento scientifico, tra i più importanti d’Italia, tanto era originale la sua sistemazione e tanto ricche le sue collezioni. Lo stesso Castelli ce lo descrisse nella sua opera "Hortus Messanensis", stampata a Messina nel 1640: in essa spiega con accuratezza il suo metodo di catalogazione, estremamente originale e in anticipo sui tempi; infatti collocò le piante in 14 classi e diede alle classi una disposizione sistematico-filogenetica, assai moderna. Egli comunque seguì la nomenclatura anti-linneana (fu più tardi il botanico A. Arrosto a tradurre il catalogo nella nomenclatura linneana). Successore di Pietro Castelli fu Marcello Malpighi, fondatore dell’istologia e dell’anatomia comparata (fu proprio a Messina che effettuò la maggior parte delle sue osservazioni attraverso il microscopio). Ma la fine di questo “primo” Orto Botanico di Messina giunse al termine della rivoluzione anti-spagnola del 1678. Gli Spagnoli, infatti, vollero punire la città anche azzerandone la vita culturale, per prevenire ulteriori sollevazioni e per facilitare il controllo politico. Oltre alla soppressione di tutti i secolari privilegi, fu chiusa anche l’Università e l’Orto botanico fu distrutto. Seguì un periodo in cui le funzioni del Giardino dei Semplici furono assunte da giardini privati, anche per le esigenze curative e di studio.

Nel 1838 fu riaperta l’Università di Messina, ma l’Orto Botanico dovette attendere altri cinquant’anni per tornare in vita: il 29 aprile 1889, il Comune di Messina assegnò quattro ettari di terreno, nei pressi del torrente Portalegni, all’Orto Botanico. A dirigerlo andò Antonio Borzì, scienziato di chiara fama internazionale, che fu un precursore nello studio dei cicli ontogenetici di molte alghe. Purtroppo, però, una nuova sciagura incombeva: il terremoto del 1908 causò molti danni, ma ancor più grave fu la costruzione, in gran parte dell’area, di alloggi di prima accoglienza per gli sfollati, divenendo poi in permanenza un’area edificata. Oggi, resta uno spazio di un solo ettaro e alcuni locali sono stati ceduti alla Facoltà di Giurisprudenza per scopi didattici. Ma, nonostante ciò, l’Orto Botanico è tuttora assai vitale e di grande interesse complessivo: comprende, tra le tante piante, giganteschi esemplari del raro Pinus Brutia, o le Dracaena Draco, felci arborescenti, o alberi rari come gli imponenti Tipuana della Bolivia o i Calodendrum del Sudafrica, l’albero del sapone, le liane dell’Amazzonia, e anche papiri provenienti dal lontano Nilo e dal più vicino Ciane.