Inizialmente dedicata a San Sebastiano, fu eretta dalla famiglia Passaro nel 1091 in pieno stile romanico. Era formata da tre navate, ma nella seconda metà del XII secolo la chiesa fu portata all’attuale livello e rimase un’unica navata. A testimonianza dell’antica architettura rimangono i due archi a tutto sesto visibili sulla parete destra della chiesa. 
Nel 1957 la chiesa venne dedicata a San Giovanni Crisostomo, che letteralmente significa “bocca d’oro” in riferimento alla sua arte oratoria. 
Essendo oggi utilizzata dai cristiani di rito orientale-bizantino, l'altare maggiore in stile barocco è stato sostituito con uno a forma quadrata, preceduto da una iconostasi dipinta in due orsini: nella parte superiore sono raffigurate scene di santi distribuiti in pannelli; in quella inferiore quattro figure ieratiche che rappresentano il Salvatore, la Madre di Dio, San Pietro e San Paolo. Al centro dell'abside è posta una tela della Madonna con le mani volte in alto ed il Divino Infante sul petto realizzata da Buono nel 1968.