Il museo - articolato in due sale - è situato in un edificio medievale, già sede del 'Consiglio dei Dodici' dell'Ordine di Santo Stefano. Le collezioni comprendono un modello di galea della Marina Stefaniana, numerosi stemmi di imbarcazioni dei secoli XVI - XVII, strumenti nautici, alcune relazioni di capitani di mare, armi bianche a corredo dell'uniforme dei Cavalieri ed uniformi da cerimonia, quadri, stampe e bandiere. Tale piccolo patrimonio si affianca ai cimeli conservati nella Chiesa Nazionale dei Cavalieri di Santo Stefano, ricca di testimonianze, tra le quali il vessillo alzato sulla nave ammiraglia di Ali Pascià nella battaglia di Lepanto (7 ottobre 1571), i fanali di navi turche in rame dorato e tre grandi frammenti di galea toscana, riccamente intagliati, opera di Santi Santuccio, detto il 'Santino' (sec. XVIII).