Le collezioni egittologiche dell'Università di Pisa hanno origine nel 1962, grazie ad una prima donazione fatta da Laura Birga Picozzi, discendente della famiglia di Ippolito Rosellini, lo scolaro pisano di J.-F. Champollion considerato il padre dell'egittologia italiana. Donazioni, acquisti, attività di scavo e di ricerca in Egitto ed in Sudan da parte dell'Università di Pisa - Cattedra di Egittologia, hanno aggiunto materiali che formano adesso un complesso importante, sia per il suo valore patrimoniale, sia per la sua consistenza ed il suo significato scientifico, storico ed archeologico, sia infine per la rilevanza didattica ed espositiva. Le Collezioni sono collegate con il 'Laboratorio Egittologico I. Rosellini' dello stesso Dipartimento.

Il Museo ospita le seguenti collezioni: La Collezione Schiff Giorgini Nel 1964 l'Università di Pisa arricchiva le sue Collezioni grazie ad una donazione di eccezionale valore fatta da Michela Schiff Giorgini (1923-1978), la quale dal 1956 aveva aperto sotto il patrocinio dell'Ateneo Pisano, un cantiere archeologico in Sudan, a Soleb e poi a Sedeinga; il materiale proveniente dagli scavi si trova così diviso tra il Museo di Khartum e l'Università di Pisa, che conserva quei reperti che il Governo Sudanese ha via via attribuito all'archeologa italiana, alla quale l'Università di Pisa concesse nel 1972 la Laurea Honoris causa.

La Collezione Schiff Giorgini è ricca anche numericamente (circa 400 pezzi) ma il suo interesse deriva soprattutto dal fatto che il materiale fa parte di contesti archeologici esplorati metodicamente, e metodicamente studiati: il tempio di Amenofi III e la necropoli del Nuovo Regno a Soleb, e l'area delle necropoli meroitiche di Sedeinga. Molti dei pezzi della collezione pisana sono dei preziosi pezzi unici: uno specchio di bronzo ageminato d'oro, di elettro (una lega di oro e argento) e di rame, un grande scarabeo di Amenofi III, il cui testo geroglifico, inciso sul lato piatto, commemora la 'caccia ai leoni', una statua in diorite frammentaria, di Amenofi III - Nebmaatra, un blocco in arenaria rosata, dal tempio di Soleb, sulla cui superficie il ritratto di Amenofi III è scolpito con arte raffinata. La collezione pisana è giustamente considerata una delle più ricche di Europa per il materiale meroitico che conserva: sculture con e senza iscrizioni, avori, bronzi e vetri, fra i quali ha il posto d'onore l'eccezionale splendido 'calice blu' ornato da una iscrizione greca ('Bevi e tu possa vivere!') e da una decorazione figurata, policroma e dorata, d'ispirazione egittizzante ed alessandrina, che colloca il nostro calice tra i capolavori della produzione vitrea d'età romana (III sec. d.C.). Al materiale donato all´Ateneo nel 1964 si è aggiunto un anello d´argento - con iscrizione geroglifica sul castone - proveniente da Soleb donato nel 1997 da C. Robichon. Gli Ostraka di Ossirinco Nel 1968, le Collezioni egittologiche acquisirono una raccolta molto consistente, formata da più di 1500 ostraka (termine che indica i frammenti di vasellame di terracotta, usati anticamente come supporto scrittorio); la maggioranza sono documenti scritti in demotico (alcuni sono figurati; pochi sono scritti in greco e in copto), databili all'epoca romana, augustea e post-augustea. Si tratta di un grande archivio relativo al traffico, soprattutto di cereali, tra Ossirinco e l'Oasi di Baharia; l'archivio demotico pisano di Ossirinco è completato da altri ostraka che si trovano presso l'Università di Colonia, sicché la pubblicazione dell'intero archivio permette una collaborazione scientifica internazionale tra Pisa e l'Università tedesca. Il complesso documentario è fondamentale per la storia dell'economia e dell'organizzazione dei commerci tra l'Egitto e le Oasi in epoca romana. 

La Collezione Picozzi La raccolta consiste di un centinaio fra reperti archeologici, provenienti dalla valle del Nilo, e materiale di valore artistico e archivistico anche importante: un abbozzo, inedito, del frontespizio dei 'Monumenti dell'Egitto e della Nubia' di I. Rosellini; un ritratto ad acquarello dello Champollion, copia di U. Umiltà da un olio di Alessandro Ricci datato: 'Sul Nilo 5 ottobre 1829'; un 'rotolo magico' etiopico e altri oggetti interessanti l'archeologia nubiana della fine del secolo scorso, importanti comunque in quanto cimeli 'roselliniani'; infatti la Collezione Picozzi riceve un valore ed un significato tutto speciale dal suo collegamento con la storia stessa dell'Egittologia in Italia, e si riallaccia da un lato alla grande raccolta faraonica del Museo Archeologico di Firenze, riportata in Italia da I. Rosellini - in seguito alla Spedizione franco-toscana in Egitto e in Nubia (1828-1829) voluta dal granduca Leopoldo II - e dall'altro lato al piccolo, ma interessante, gruppo di reperti faraonici conservati a Pisa nel Museo dell'Opera Primaziale, e donati a questo Museo già nel 1830. La Donazione Monica BenvenutiStrumenti di bronzo dai depositi di fondazionedi Hatscepsut e di Thutmosi III. Quasi tutti i Musei egittologici del mondo posseggono oggetti provenienti da 'depositi di fondazione'; in Italia il Museo Egizio di Torino e quello di Firenze ne espongono esemplari, datati alla XVIII dinastia (XV secolo a.C.) con il nome della regina Hatscepsut (1479-1457 a.C.) e del faraone Thutmosi III (1479-1424 a.C.). Adesso anche il Museo dell'Ateneo Pisano puo' vantare nella sua bella raccolta 14 strumenti in bronzo di provenienza regale, di Hatscepsut e di Thutmosi III; sono stati acquistati sul mercato antiquario (Cybèle, Parigi) nel 2001 e donati dalla Signora Monica Benvenuti di Livorno. 

Ripuliti accuratamente nel Laboratorio delle Collezioni da Gianluca Buonomini i bronzi mostrano adesso una bella patina e sono esposti in una speciale vetrina 'piramidale' nella sala centrale del Museo. Acquisizioni recenti. Le collezioni Egittologiche dell'Ateneo pisano si sono arricchite, negli ultimi anni, con pezzi interessanti, come vetri e parti mobili. Si possono ad esempio ammirare, fra i reperti delle Collezioni, un bellissimo bicchiere su peduncoli e la parte frontale di un cassetto in legno con tiretto in bronzo. Altri oggetti esposti nelle nuove vetrine delle Collezioni sono stati donati da privati. Numerosi sono i reperti degni di nota fra i quali è una stele in arenaria di epoca tolemaica, raffigurante il faraone che fa offerta al dio Thot sotto forma di babbuino. Assieme alla stele sono esposti sei bronzetti raffiguranti divinità e due occhi che che dovevano abbellire un sarcofago ligneo. Nel 1991 sono state donate anche sei placchette in faience azzurra destinate ad essere infilate in una collana. Ciascuna placchetta è decorata su di una faccia con la testa del dio Bes, e con l'occhio ugiat sull'altra.