Créé par ordre de Cosme I de Médicis à l’initiative du grand botaniste Luca Ghini, le Giardino dei Semplici (Jardin des Simples) est le plus ancien jardin botanique du monde et le premier à être rattaché à une université. Les jardins de Pise ont été transférés plusieurs fois dans le passé. Au début, pendant la préfecture de Luca Ghini, le jardin était à l’ancien chantier naval (arsenal) (1543-1545); ensuite, pendant la préfecture d’Andrea Cesalpino. (1563-1595) cette zone était requise par l'Ordre des Chevaliers de Saint-Étienne et les jardins ont été transférés sur un terrain situé près de l'église de Sainte-Marta, où le nom de la rue (via del Giardino) rappelle encore sa présence.

Ici, la position isolée, éloignée du bâtiment de l'Université (Sapienza) et de la zone ombragée, n'a pas rencontré l'approbation des scientifiques, aussi, durant la préfecture de Giuseppe Casabona, Ferdinand I a transféré les jardins à troisième jardin », son site définitif via S. Maria (1590 environ).

Le jardin, lieu de méditation et de recherche, possédait d'authentiques végétali «mirabilia» ainsi que des spécimens plantés et séchés à étudier par les scientifiques. La classification et le catalogage des variétés de plantes, une tâche typique du jardin pisan, ont été accompagnés depuis les temps les plus reculés par des dessins fidèles et des gravures «de la vie», insérés dans des volumes et des manuscrits distribués, stimulant ainsi des échanges utiles entre scientifiques et contribuant à l'affirmation de la botanique en tant que science moderne.

Le musée botanique est situé dans les jardins. Dans la première moitié du XVIIIe siècle, la façade de ce bâtiment a été rénovée et décorée avec un design fantaisiste de coquillages et de coraux.

La recherche scientifique se poursuit dans les jardins, avec des ajouts à la collection de plantes à des fins d'enseignement, de science et de diffusion des connaissances.