Enregistrée comme existant déjà en 1032, l'église avec le monastère adjacent a été transmise aux moines de Vallombrosa vers 1090-1092. Plusieurs étapes de sa construction sont enregistrées, dont l'une, datant du milieu du XIIe siècle, qui comprenait la restructuration du presbytère ré-consacré en 1148.
À la même époque, le front, dans le style de la façade de Rainaldo de la cathédrale était presque achevée, avec un toit à double pente, des pilastres, des arches mortes, un intarsia en marbre et trois étages d’arcs. La façade en marbre du mur nord et du côté gauche date du milieu du XIIIe siècle, tandis que la façade n'a été achevée qu'au XIVe siècle.
Le monastère se composait de deux cloîtres, l'un construit contre le mur sud de l'église et l'autre derrière l'abside, près de la chapelle de S. Agata; tous deux ont été gravement bombardés pendant la seconde guerre mondiale et, avec le clocher, ont été démolis.
Après 1409, le monastère est recommandé et, en 1565, envoyé à l'ordre des chevaliers de Saint-Étienne sous le haut patronage de la famille florentine Grifoni. L'église et le monastère ont été rénovés en 1615 et au milieu du XVIIIe siècle. Lorsque l'ordre de Saint-Étienne a été supprimé en 1798, l'église est devenue une paroisse et a subi une rénovation radicale en 1853: les autels latéraux et le plâtrage sur les murs ont été supprimés, ce qui l'a ramenée à son état actuel.
De toute la riche décoration sur les murs, dont une partie a été réalisée par Buonamico Buffalmacco au début du XIVe siècle, seul un fragment subsiste sur un pilier représentant les saints Bartholomé et François. Il y a un sarcophage romain qui contenait autrefois les restes du juriste pisan Burgundio (1194) et une Vierge à l'enfant avec des saints de Turino Vanni (XIVe siècle).
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