La galerie abrite la collection la plus complète d'œuvres d'art ombriennes datant des XIIIe et XIXe siècles, provenant pour la plupart de propriétés ecclésiastiques. Cependant, les relations étroites entre les milieux religieux et civils à travers le Moyen Âge et pendant la majeure partie de l'ère moderne font de ce musée l'un des meilleurs dépôts du patrimoine artistique non seulement de la région de l'Ombrie mais de l'ensemble du pays. .

Les mouvements artistiques des XVIIe et XVIIIe siècles sont représentés par des artistes tels que Orazio Gentileschi, Pietro da Cortone, Valentin de Boulogne, Pierre Subleyras, Antonio Amorosi et Corrado Giaquinto. La galerie présente également diverses collections spéciales, telles que des textiles, des documents et des cartes, ainsi qu'un trésor contenant des œuvres d'art précieuses d'autres musées et églises de la ville.

Il convient de mentionner les œuvres d'artistes majeurs du Moyen Âge et de la Renaissance, telles que le Maître de San Francesco, Arnolfo di Cambio, Duccio di Buoninsegna, Gentile da Fabriano, Beato Angelico, Piero della Francesca. Il existe de nombreux chefs-d’œuvre de Pietro Vannucci, plus connu sous le nom de Perugino, et de ses disciples et autres artistes locaux, dont le plus important est Bernardino di Betto, appelé Pintoricchio. La chapelle dei priori, une chapelle à fresques de Benedetto Bonfigli, avec des scènes de la vie de saint Ercolano et de saint Louis de Toulouse, est un exemple intéressant de l'histoire locale et de l'urbanisme.