Fue fundada en 1638 (con el nombre de Giardino dei Semplici), con una ordenanza de la Universidad de Messina, por Pietro Castelli: era de Roma, alumno del famoso científico Cesalpino, profesor de filosofía y medicina en el archi-gimnasio. de mesina. Ya director de la Orti Farnesiani de Roma, fue buscado por Padua, que lo quería para su universidad. El terreno fue dado por el Senado, quien pagó por su construcción. Se colocó en la parte posterior de Porta Imperiale, a lo largo de las murallas de la ciudad. El jardín botánico fue el primero en Sicilia y uno de los primeros y más grandes (aproximadamente 164 x 1837 pies) del mundo occidental. Pronto se celebró como un monumento científico puro, uno de los más importantes de Italia por su arreglo original y sus ricas colecciones. El mismo Castelli lo describió en su obra "Hortus Messanensis", impresa en Messina en 1640: en ella describe con precisión el método de catalogación, una forma original y avanzada para esa época; de hecho, puso las plantas en 14 clases y dio una nomenclatura anti-Linneana (más tarde el botánico A. Arrosto tradujo el catálogo en la nomenclatura de Linnaean). El sucesor de Pietro Castelli fue Marcello Malpighi, fundador de la histología y la anatomía comparativas (fue aquí en Messina donde realizó la mayoría de sus observaciones con un microscopio). Pero este primer Jardín Botánico terminó después de la revolución contra el reinado español en 1678. El reinado español, de hecho, quería castigar a la ciudad destruyendo su vida cultural para evitar nuevas revueltas y tomar el control político. Además de la supresión de todos los privilegios seculares, la Universidad fue cerrada y el Jardín Botánico destruido.

En 1838, la Universidad de Messina se abrió de nuevo, pero el Jardín Botánico tuvo que esperar más de 50 años para comenzar de nuevo: el 29 de abril de 1889, el Municipio otorgó cuatro hectáreas de terreno cerca del arroyo Portalegni para hacer Un nuevo jardín botánico. Antonio Borzì dirigió el proyecto. Era un científico muy famoso en todo el mundo, y fue un precursor del estudio de los estudios ontogenéticos de muchas algas. Pero, desafortunadamente, ocurrió un nuevo desastre: el terremoto de 1908 causó muchos daños, pero, aún más grave, fue la construcción en esa área de alojamiento para los evacuados. Hoy en día solo hay un espacio de una hectárea, y algunas salas se han entregado a la Facultad de Derecho. El Jardín Botánico, en la Piazza XX Settembre, sigue siendo muy vital para la ciudad y un gran interés: allí se pueden encontrar gigantescos ejemplares del raro Pinus Brutia, Dracaena Draco, helechos arborescentes, la Tipuana de Bolivia y el Calodendrum de Sudáfrica. , el Sapindus (también llamado el árbol del jabón), las lianas de la Amazonia, y también el papiro del Nilo y Ciane.