Abbey San Zeno bylo postaveno v devátém století na zbytcích již existujícího kláštera, jehož původ sahá až do čtvrtého století.Dnes jen věž opatství a některá kláštera, která jsou nyní součástí baziliky San Zeno, přežila.Abbey bylo velmi důležité pro historii Verony a pro vztahy mezi německými císaři a Itálií.To bylo zničeno hlavně během napoleonské éry, a proto nesledovalo osud ostatních opatství ve Veroně, které byli chyceni Francouzi před tím, než se stali majetkem vlastněné rakouské, někdy vykoupené jako v případě Santa Maria v Organu.Od počátku devatenáctého století začalo období likvidace starověkého opatství a benediktinského konventu, které skončilo v polovině dvacátého století.Od druhé světové války bylo provedeno několik výplní, zejména věže a část původního opatství, nyní zcela obnovena a otevřená pro návštěvu.