Zřízeno v roce 1923 na památku 400. výročí smrti Pietro Perugina, bylo znovu otevřeno v roce 2000 s novým uspořádáním, které se navine přes 25 pokojů na dvou podlažích, prostřednictvím sugestivních zbytků Palazzo di Martino IV, Palazzo Dei Consoli a Palazzo, a PalazzoDel Capitolo Dei Canonici.V podzemním trezoru je kamenný tablet související s městským uspořádáním v Perugii v Etruscan-Roman Times.

Zobrazování uměleckých a náboženských dekorací z církví po celé diecézi a z katedrály, stejně jako dary, zachovává četné obrazy a sochy od 14. století do 19. století, včetně díl z workshopů ArnolfaDi Cambio a Agnolo Daddi a další od Meo Da Siena, Giannicola di Paolo a Bartolomeo Caporali.Včasný manýrismus a 17. století jsou zastoupeny prací Danti, Scaramuccia a Batini.Obzvláště pozoruhodné je oltář Sant'Onofrio od Luca Signorelli (1484), zobrazující enthronovanou Madonnu a dítě, anděl hrající na nástroj a po stranách John Křtitel a Svatí Onofrio a Lorenzo spolu s pověřenou stranou.