Byl založen v roce 1638 (s názvem Giardino Dei Semplici), s nařízením University of Messina, Pietro Castelli: Byl z Říma, žák slavného vědce Cesalpino, učitel filozofie a medicíny v Archi-gymnasiusiusMessiny.Již ředitel Říma Orti Farnesiani byl vyhledáván Padovou, která ho chtěla pro jejich univerzitu.Země poskytl Senát, který zaplatil za jeho výstavbu.Byl umístěn na zadní straně Porta Imperiale, podél městských stěn.Botanická zahrada byla první na Sicílii a jedna z prvních a největších (přibližně 164 x 1837 stop) západního světa.Brzy to bylo oslavováno jako čistě vědecký památník, jeden z nejdůležitějších Itálie pro jeho původní uspořádání a jeho bohaté sbírky.Sám Castelli to ve své práci popsal „Hortus Messanensis“, který byl vytištěn v Messině v roce 1640: v něm popisuje s přesností metodu katalogizace, originální a pokrok pro tuto dobu;Ve skutečnosti dal rostliny do 14 tříd a dal anti-linnaean nomenklaturu (později botanický A. Arrosto přeložil katalog v Linnaean nomenklatuře).Pietro Castelliho nástupce byl Marcello Malpighi, zakladatel srovnávací histologie a anatomie (právě zde v Messině udělal většinu svých pozorování pomocí mikroskopu).Tato první botanická zahrada však skončila po revoluci proti španělské vládě v roce 1678. Španělská vláda ve skutečnosti chtěla potrestat město zničením svého kulturního života, aby zabránila dalším vzpourám a převzala politickou kontrolu.Kromě potlačení všech světských privilegií byla univerzita uzavřena a botanická zahrada byla zničena.

V roce 1838 byla University of Messina znovu otevřena, ale botanická zahrada musela čekat více než 50 let, než začala znovu: 29. dubna 1889 dala obce čtyři hektary poblíž potoka Portalegni, aby vyrobilaNová botanická zahrada.Vedl projekt Antonio Borzì.Byl to velmi slavný vědec po celém světě a byl předchůdcem studia ontogenetických studií mnoha řas.Bohužel se však stala nová katastrofa: zemětřesení z roku 1908 způsobilo mnoho škod, ale ještě vážnější byla výstavba v této oblasti ubytování pro evakuované.V dnešní době existuje pouze prostor jednoho hektaru a na fakultě práva byly dány některé místnosti.Botanická zahrada, na Piazza xx Settembre, je pro město stále velmi životně důležité a velký zájem: zde najdete gigantické vzorky vzácné Pinus Brutia, Dracaena Draco, Arborescent Ferns, Tipuana z Bolívie a Calodendr of South Africa, Sapindus (také nazývaný strom mýdla), Lianas z Amazonie a také Papyrus z Nile a Ciane.