Stejně jako většina církví a uměleckých děl Messiny, kostel sv. Jana na Maltě také utrpěl škody a transformace kvůli zemětřesení.To, co nyní můžeme obdivovat, je pouze část starověké budovy.

Kostel byl založen v roce 535 A. D. Benediktinským mnichem Placido, v důsledku svatého Benedikta Norciovy vůle.Dal Placido práci při založení prvního benediktinského kláštera na Sicílii.V roce 541 A. D. byla budova zničena invazí do Saracenské armády a zabili Placida a jeho bratry, kteří byli mučeni.V roce 1136 byly kostel a okolní území dány rytířům sv. Jana Jeruzaléma a Malty králem Rogerem II.Stavba kostela byla pověřena Jacopem del Duca, jedním z žáků Michelangela.Kostel s jednou lodí a dvěma bočními uličkami měl během zemětřesení roku 1783 a 1908 zničeno 19 oltářů. V dnešní době je možné obdivovat pouze dva z nich.

Barokní fasáda byla při výstavbě vládní budovy připravena architektem Bazzani v roce 1913.

V interiéru je možné obdivovat některé fresky zasvěcené mučednictví sv. Placido a malého muzea, kde jsou hlídány parametry a stříbro.Uvnitř kostela je oblečení sv. Placida a pohřební památník Francesco Maurolico.