As coleções paletnológicas e paleontológicas são originárias da coleção Regnoli, médico de Pisan, que em 1867 conduziu as primeiras escavações das cavernas pré -históricas de Versilia e Mount Pisano.A esses achados, vários materiais de escavações em várias regiões italianas, variando do paleolítico à Idade do Bronze, foram adicionadas ao longo do tempo.
Também existem elencos de obras de arte pré -históricas e uma grande coleção de restos de animais encontrados durante escavações, úteis para a reconstrução de ambientes do passado e a análise da economia daquela época.