A igreja românica de San Babila, construída em torno do século XI, originalmente tinha três naves e três APSEs.A maior nave central foi dividida em três baías, na segunda das quais era uma cúpula lanterna octogonal.Era desprovido de capelas laterais e sacristia.
As primeiras modificações foram na era Visconti, com a consagração de dois altares e a construção dos sacristias.
Após a visita do arcebispo Visconti em 1591, foi decidido realizar trabalhos mais radicais, considerando o pobre estado da igreja.De fato, a restauração no período barroco levou à demolição da fachada românica para adicionar uma baía à igreja, além da demolição dos Aps.
No entanto, a reconstrução não foi definitiva.No início do século XX, as reformas no estilo barroco foram demolidas sem piedade para abrir espaço para as mudanças neo-romóveis.Com o tempo, o interior adquiriu janelas de Bertini, decorações pictóricas de Pogliaghi e Cavenaghi e o altar principal de Moretti.
Outros trabalhos foram realizados em momentos diferentes: o batistério inspirado no Paleochristian e a nova capela dos Addolorata substituindo uma destruída por bombardeios durante a Segunda Guerra Mundial.A história do fundamento da Igreja de San Babila tem sido objeto de vários debates, mas agora parece que há um consenso de opinião.Segundo a lenda San Babila, foi a primeira igreja construída em Milão em 46 dC no local de um templo pagão dedicado ao Sol.A mesma lenda diz que foi erguida por S. Barnaba, que teria comemorado sua primeira missa lá depois de entrar na cidade.
De fato, os dados mais antigos que testemunham a existência de uma igreja dedicada a San Babila data do século XII e confirmam que foi construída mais recentemente pelo padre Nazario Muricola.Escavações subsequentes para sua restauração confirmam esta versão mais recente.