Allestito dai Padri Comboniani, è stato fondato nel 1938 con lo scopo di valorizzare le realtà culturali delle popolazioni africane presso cui vivono i missionari.
Sono presenti pannelli descrittivi che ripercorrono le vicende storiche africane, una vastissima raccolta di oggetti etnografici (soprattutto strumenti musicali, giochi e suppellettili) provenienti da Egitto, Sudan, Congo, Togo, Burkina Faso e altri stati africani e una biblioteca specializzata.
Nel 1996 una radicale ristrutturazione ha permesso di riqualificare la funzione del Museo, attraverso l’introduzione di nuove tecniche multimediali.
Ora, accanto alla funzione etnografica, il Museo ha assunto il ruolo di centro di dialogo interculturale per l’educazione allo scambio con le culture e le tradizioni dei popoli dei Paesi del Sud del Mondo. Periodicamente è sede di mostre temporanee a tema.