La chiesa, in prossimità della porta Organa, esisteva già in epoca longobarda e in seguito diventò un importante monastero benedettino.
Durante la metà del XV secolo, vennero edificati la sagrestia ("la più bella d'Italia" per G. Vasari) e il presbiterio, entrambi impreziositi dalle tarsie lignee di Fra' Giovanni da Verona; negli stessi anni Francesco Da Castello edifi­cava il chiostro e il campanile.
L'interno, vivacemente affrescato, è ricco di im­portanti dipinti di artisti rinascimentali veronesi. Nella cripta (VI - VIII sett.) so­no presenti elementi romani di spoglio.
La facciata incompiuta è opera di Mi­chele Sanmicheli.

Nelle pareti del presbiterio, dietro l’altare maggiore, è addossato il coro in legno di noce che si compone di 41 stalli, 27 nel registro superiore e 14 in quello inferiore. Sul fregio, sopra la cattedra centrale, è intarsiata la data 1499. L’opera, che ha subito nel corso dei secoli vari rimaneggiamenti e restauri, venne realizzata a partire dal 1494 da fra Giovanni da Verona (1457-1525) insieme ad alcuni allievi .
In ogni stallo, con i braccioli decorati da grifoni con volto umano, lo schienale è suddiviso in pilastrini variamente intarsiati e inquadrato da un arco sostenuto da lesene.
Le 27 tarsie rappresentano un sunto dell’arte prospettica italiana nella quale si cristallizza la formula dei “falsi armadi” con vedute di città o paesaggi.
Vi sono riferimenti precisi alla città di Verona, al patrono S.Zeno e alla chiesa di San Maria in  organo.
Il coro venne completato con il leggio realizzato tra il 1500 e il 1501.