Circa un secolo prima delle tragiche vicende di Beatrice Cenci, il complesso spagnolo sul Gianicolo si era arricchito del tempietto che si trova al centro del cortile presso la chiesa. L'ideazione di questo capolavoro bramantesco risale al 1502 sebbene l'edificio fosse stato ordinato dai reali di Spagna in adempimento del voto fatto per la nascita del loro primogenito, Giovanni, morto prematuramente nel 1497.

L’edificio fu eretto come "martyrium" per ricordare il presunto luogo dell'esecuzione di San Pietro. Presenta all’esterno un colonnato, poggiante su una breve gradinata anch'essa circolare, coronato da una balaustra dalla quale sorge la cupoletta, in parte modificata da interventi Seicenteschi. L'interno, a pianta rotonda, presenta sull'altare una statua dell’apostolo, realizzata da un ignoto artista di scuola lombarda del Cinquecento. Al di sotto dell'aula a pianta rotonda si trova una cripta disadorna, dove una lapide sul pavimento protegge il foro che sarebbe stato lasciato dalla croce di San Pietro.