Istituito nel 1931 dal Ministro Guardasigilli Alfredo Rocco fu inizialmente allestito nel seicentesco edificio delle Carceri Nuove in Via Giulia e trasferito, nel 1975, nell’adiacente ex carcere minorile di Palazzo del Gonfalone.

Articolato originariamente in tre sezioni tematiche, il Museo avrebbe dovuto raccogliere e tenere a disposizione degli studiosi gli oggetti di maggior rilievo attinenti alla criminalità, dagli strumenti di tortura ai corpi di reato. Furono perciò esposti strumenti di morte, come le imponenti ghigliottine, e di tortura come i sarcofagi in ferro dotati di aculei interni e le gabbie in forma di corpo umano. 

Accanto ad essi le spade e le pistole usate in celebri delitti ed anche il singolare mantello di tela rossa del più leggendario boia di Roma, Mastro Titta.

Negli anni ’90, il sistema delle sale tematiche è stato sostituito con un itinerario storico-culturale suddiviso in tre periodi. Parallelamente alla storia dell’evoluzione del crimine è inoltre presentata anche la storia dell’istituzione carceraria e della riforma penitenziaria.