La chiesa è detta della “colonnella” perché sorta nei pressi dell’ultimo miliario romano della via Flaminia per coloro che venivano da Roma.
Fu eretta dal Comune, che ne è ancora proprietario, intorno al 1510, nel luogo in cui si venerava l’immagine di una Madonna, dipinta nel 1483 entro un’edicola, che nel 1506 si rese miracolosa.
Il Comune affidò il complesso ai frati Girolomini della congregazione di Fiesole, che vi officiarono fino al 1680.
Dal 1680 al 1797 la tennero i Terziari Regolari di San Francesco, e dal 1817 al 1867 i Cappuccini. Oggi è parrocchia.
L’autore della decorazioni in cotto fu il ravennate Bernardino Guiritti attivo a Rimini fra il 1508 e il 1511. Il Guiritti potrebbe esserne stato anche l’architetto. I portali in pietra d’Istria furono invece commissionati nel 1514 al veneziano Giovanni di Bernardino.
Il complesso fu lesionato dai terremoti del 1672, del 1786 e soprattutto da quello del 1916. Nel 1918 fu restaurato sotto la direzione dell’Ingegnere Luigi Urbani. Nel 1922 il campanile fu riedificato per metà, su disegno dell’ingegnere Ivo Valentini. All'epoca esisteva ancora il portico davanti alla chiesa.
La Seconda Guerra Mondiale danneggiò notevolmente tutte le strutture, la parte absidale della chiesa fu particolarmente colpita. Nel 1971 questa venne ulteriormente restaurata.
All'interno della chiesa si conservano fra le varie opere d’arte un quadro di Jacopo Palma il giovane raffigurante la Deposizione, databile al 1610, e notevoli decorazioni in cotto del Guiritti.