Il palazzo, adiacente alla chiesa di San Rocco, venne edificato nelle forme attuali tra il 1594 e il 1598 unendo un gruppo di case più antiche.
Nel 1605 venne concesso in affitto perpetuo all'Ordine di Santo Stefano per ospitarvi studenti piemontesi dello Studio Pisano, secondo un desiderio dell'arcivescovo Carlo Antonio Dal Pozzo (dal quale deriva il nome Puteano).
La facciata venne decorata da affreschi allegorici tra il 1608 e il 1609 ad opera di Giovanni Stefano Marucelli. Dopo la soppressione dell'Ordine, il collegio rimase aperto fino al 1925, ma già nel 1930 la Scuola Normale di Pisa lo fece riaprire come Casa dello Studente della prestigiosa Università che aveva la sede nel vicino palazzo dei Cavalieri. Dal 2001 è sede del Centro di ricerca matematica "Ennio De Giorgi".
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