La collezione rappresenta l'esito della geniale e generosa intuizione di Giuseppe Stuard (Parma, 1790-1834), amministratore della Congregazione di San Filippo Neri.
Il percorso espositivo, dal XIV e XV secolo fino al Novecento, si snoda attraverso ventidue ambienti e comprende opere di varie culture artistiche e pittoriche. Fa da schermo e fondale il piccolo chiostro binato centrale. L'itinerario transita attraverso dipinti, ritratti, cimeli, arazzi e varie testimonianze documentali della storia artistica di Parma e della stessa famiglia Stuard. 
La prima Sala si apre sul Sacello di San Paolo, ex torre difensiva, poi campanaria, con splendida monofora e cupola emisferica. Segue il patrimonio archeologico pre-medioevale e medievale ottenuto a seguito degli importanti scavi archeologici eseguiti durante i lavori di restauro. Il resto è un susseguirsi di grandi e piccoli dipinti a tema prevalentemente religioso. Seguono altri pregevoli dipinti di ambito senese e fiorentino e, infine, un disegno raffigurante un levriero riconosciuto al Parmigianino, divenuto oggi simbolo della pinacoteca. Il percorso museale si conclude davanti al transetto nord della chiesa di San Paolo, fatta erigere nel Mille dal vescovo Sigifredo II per le monache benedettine del San Paolo.